染色体毎のマーカー情報

 
STSマーカー： いくつかのcDNAライブラリーに由来したEST配列から設計されるクローン特有のシーケンス（3'末端）を使って、161のSTSマーカーが開発されました (Yamamoto et al. 1997 Plant Mol Biol 35: 135-144)。
 
CAPSマーカー： 高密度RFLP連鎖地図( A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP, Harushima et al. 1998, The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers, Rice Genome Research Program 2000)に由来する情報を使用して、6つの派生CAPS（dCAPS）マーカー(Konieczny and Ausbel 1993 Plant J. 4: 403-410, Neff et al. 1998 Plant J. 14: 387-392) を含む171のCAPSマーカーを開発しました。
 

 
STSマーカー： 各マーカーの染色体上の位置は、イネのYAC（酵母人工染色体）物理地図を使用したESTマッピング(Wu et al. 2002 Plant Cell 14: 525--535) によって同定されました。46のランダムに選ばれた戻し交雑自殖系統群(BILs)を使用した連鎖解析によって、すべての多型マーカーにおける染色体上の位置を確かめました(Lin et al. 1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)。 増幅は、GeneAmp PCR System 9600（パーキンエルマー社製）を使用しました。
 
CAPSマーカー： RFLP連鎖分析に使用されるクローンの5'および3'配列データを用いて、ゲノムの特異的増幅のための固有のプライマー対を設計しました。さらに、多型を検出するために制限酵素による消化を行いました。CAPSマーカーの染色体上の位置を確認するために、14のランダムに選ばれたF2植物を使って連鎖解析を行いました(Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494)。 PCR増幅は、GeneAmp PCR System 9600を使用しました。
 

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