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このデータベースについて

タンパク質立体構造変化データ

データ説明
データ名
タンパク質立体構造変化データ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01636-002
データ内容の説明
タンパク質の立体構造変化とリガンド結合の関係を表したデータ
データファイル
データファイル名 :
pscdb.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
45.6 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pscdb
データ取得方法

PDB

解析方法

-

データ件数

1,084 件

データ詳細
項目名 項目の説明
PSCID

データのID

Classification

6桁の数字からなる分類番号。各数字の意味は、左から以下の通りである。

1. リガンド結合と共役したドメイン運動のコンポーネント数
2. リガンド結合と独立なドメイン運動のコンポーネント数
3. リガンド結合と共役したローカル運動のコンポーネント数
4. リガンド結合と独立なローカル運動のコンポーネント数
5. リガンドが埋没したドメイン数
6. 表面にリガンド分子が結合したドメイン数

Protein name

タンパク質名

FreeID

リガンドと結合していない立体構造(PDB ID)

BoundID

リガンド結合した立体構造(PDB ID)

Ligands

リガンド名(PDB)

EC

EC番号(酵素番号)

Distance

酵素活性部位(Catalytic Site Atlas(CSA))とリガンド結合部位の距離

Component No

運動のコンポーネント番号

Type of motion

運動の種類

Ligand binding

リガンド結合の種類

Type of coupled motion

リガンド結合と共役した運動の種類

Order-disorder transition

ディスオーダー領域の有無("Yes"または空白)

RMSD

ドメイン運動の平均二乗平方根変位量

Mean displacement

ローカル運動の平均変位量

C.C.

線形応答理論によって予測された変位ベクトルと、結晶構造で実際に観測された変位ベクトルとの相関係数

Crystal packing

結晶場の影響により誘起された運動の有無("Coupled"または空白)

Fixed segment

固定した運動部位

Moving segment

可動する運動部位

Disorder

ディスオーダー残基数

Helix/coil

ヘリックス/コイル転移する残基数

Open state

結晶場の影響による開閉運動の区分

H-bonds/ligand

リガンド埋没運動に分類されたタンパク質とリガンドの水素結合の数

H-bonds/water

リガンド埋没運動に分類されたタンパク質と水分子の水素結合の数

H-bonds/protein

リガンド埋没運動に分類されたタンパク質の水素結合の数