データベースの説明

植物データベース-植物データベース全般

高等植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域の塩基配列モチーフを論文から収集し、解説や文献、PubMedへのリンク、国際塩基配列データベースのアクセッション番号などを付加したデータベース。

背景・ねらい

• 植物遺伝子のプロモーター等の発現制御に関わる領域（シスエレメント）中の塩基配列モチーフのデータベースと適切なホモロジー解析ツールがあれば、植物から単離された遺伝子の塩基配列から、その遺伝子の発現している組織、ホルモンやストレスによる誘導の有無などを推定し、実験を組み立てるのに役に立つと期待される。既存のシスエレメントモチーフのデータベースでは、高等植物のシスエレメントは非常に数少ない。そこで高等植物遺伝子の発現制御に関わるシスエレメント塩基配列モチーフを収集し、PLACE (PLAnt Cis-Element) データベースを構築することにした。

1. 文献を調査してモチーフ塩基配列、特徴などを含めた解説、文献等を入力し集積した。別の遺伝子や別の植物等でその後に報告されたバリエーションも独立したモチーフとして含めた。


2. それぞれのモチーフに関するドキュメントは、ブラウザでキーワード検索して読むことができる。


3. 塩基配列の解析ツールとして導入したWWW Signal Scan によって、質問配列をコピーアンドペーストして検索を実行すると、結果が表示される。表示の仕方は、存在するモチーフ名のアルファベット順にリスト、質問配列上にマップ表示、質問配列の5'側からの順にリスト、の３通りから選択できる。


4. ドキュメントの中にはアメリカNCBI/NIHの文献要旨データベースPubMed のIDナンバー及びGenBank のアクセッションナンバーが表示されている。これをクリックすることによりそれぞれのデータベースに飛んで、文献の要旨を読んだり、関連塩基配列に関するデータを入手したりできる。

• 各モチーフの実験的証拠は、RC (Reference Criteria) 欄に記載されている。ここにまとめたモチーフは、必ずしも厳密に調べたものではない。そのためこのデータベースの結果を使用する前には、それぞれのモチーフのオリジナルの文献を読むべきである。