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このデータベースについて

登録生物種リスト

データ説明
データ名
登録生物種リスト
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01194-01-001.V003
バージョン
V3 10.18908/lsdba.nbdc01194-01-001.V003 更新履歴
V2 10.18908/lsdba.nbdc01194-01-001.V002 更新履歴
V1 10.18908/lsdba.nbdc01194-01-001.V001 -
データ内容の説明
各生物種についての基本情報を収集し、整備した一覧です。 基本的な説明や、DNAマーカー、QTL、関連するデータベース集とゲノム解析手法についての情報が、一覧の中にまとめられています。
データファイル
データファイル名 :
pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_species_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
57.4 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pgdbj_dna_marker_linkage_map_plant_species_list
データ取得方法

各生物種についての基本情報は、データベースや文献、総説をもとに収集、整備しました。

解析方法

-

データ件数

80 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Scientific name

学名

Scientific name authority

Authorityを含めた学名

Japanese name

和名

Taxonomy ID

NCBI Taxonomy ID

Phylum division

門名(日)

Family

科名(英)

Family(Japanese)

科名(和)

Genus

属名 (英)

Genus(Japanese)

属名 (日)

Species

種名 (英)

Variety

変種名 (英)

Common name

一般名 (英)

Common name(Japanese)

一般名 (日)

Synonym

別名

Links (DFCI)

DFCI Gene Indexへのリンク情報

Resource info

リソース情報

Reference

参考文献

Sequencing method

シークエンシング手法

Reads count

リード数

Assembly method

アセンブル手法

Sequencing depth

シークエンシング深度

Gene annotation method

遺伝子アノテーション手法

Contig count

コンティグ数

Scaffold count

N50以上のスキャフォールド数

Gene count

推定遺伝子数

Chromosome count

染色体数

Covered region

ゲノムカバーサイズ

Genome size

ゲノムサイズ

ORF count

ORF数

GC content

GC含有率

Contact

この生物種のゲノムに関する問い合わせ先

Country

問い合わせ先のある国

Links (GOLD)

JGI GOLDへのリンク情報

Links (NCBI Genome)

NCBI Genomeへのリンク情報

Description

説明

Description(Japanese)

説明(日)

Links (Marker list)

マーカーリストへのリンク(簡易検索のみ)

Links (QTL list)

QTLリストへのリンク(簡易検索のみ)

Links (KNApSAcK Core)

KNApSAcK Coreへのリンク(簡易検索のみ)

Links (Skewered KNApSAcK)

Skewered KNApSAcKへのリンク(簡易検索のみ)

Links (Mass Base)

Mass Baseのリンク(簡易検索のみ)