タンパク質相互作用
| データ説明 | |||||||||||||||||||||||||||
データ名
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タンパク質相互作用 | ||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01200-003 |
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データ内容の説明
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タンパク質相互作用に関する情報。 DIPについては、データ再配布についてDIP開発者から許可をいただきました。ここに記して感謝の意を表します。 | ||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
pcdq_public_ppi.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
680 KB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/pcdq_public_ppi | ||||||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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タンパク質間相互作用データは BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct, および GNP_Y2H の6つのデータベースから取得しました。 |
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解析方法
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データベースから取得したタンパク質間相互作用データを統合し、タンパク質とタンパク質間相互作用データセットを作成しました。収集したタンパク質間相互作用データから非冗長なタンパク質間相互作用データセットを作成するため、 タンパク質のAccession No. (UniProt, RefSeq, GI, GenBank ID)からアミノ酸配列を取得し、 すべての配列について生物種ごとに同一相同性クラスタリング (95%以上の領域において、98%以上の相同性を持つタンパク質同士のグループ化)を行って、冗長性を取り除きました。 非冗長な統合タンパク質間相互作用データセットのうち、 ヒトのタンパク質間相互作用情報をH-InvDBのタンパク質セットに割り当てた結果、 9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 |
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データ件数
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32,198 件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||
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