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このデータベースについて

組織別発現データ

データ説明
データ名
組織別発現データ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc02443-002
バージョン
V1 10.18908/lsdba.nbdc02443-002.V001 -
データ内容の説明
各転写産物毎の組織別発現量をtpm値で記述したデータ。
データファイル
データファイル名 :
kaiko_transcript_tpm_data.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
5.8 MB
簡易検索URL
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_transcript_tpm_data
データ取得方法

「参照トランスクリプトームメタデータ」で説明した方法で作成した参照トランスクリプトームメタデータおよび各組織別RNAseqデータ
Sequence Read Archive(SRA)からダウンロードしたRNAseqデータ(DRA005094, DRA005878, DRA005094)

解析方法

上記データと利用し、Kallisto ver0.44.0にてTPM値を算出した。

データ件数

51,926 件

データ詳細
項目名 項目の説明
ASG1

前部絹糸腺 biological replicate 1

ASG2

前部絹糸腺 biological replicate 2

ASG3

前部絹糸腺 biological replicate 3

MSG_A1

中部絹糸腺前部 biological replicate 1

MSG_A2

中部絹糸腺前部 biological replicate 2

MSG_A3

中部絹糸腺前部 biological replicate 3

MSG_M1

中部絹糸腺中部 biological replicate 1

MSG_M2

中部絹糸腺中部 biological replicate 2

MSG_M3

中部絹糸腺中部 biological replicate 3

MSG_P1

中部絹糸腺後部 biological replicate 1

MSG_P2

中部絹糸腺後部 biological replicate 2

MSG_P3

中部絹糸腺後部 biological replicate 3

PSG1

後部絹糸腺 biological replicate 1

PSG2

後部絹糸腺 biological replicate 2

PSG3

後部絹糸腺 biological replicate 3

MG1

中腸 biological replicate 1

MG2

中腸 biological replicate 2

MG3

中腸 biological replicate 3

FB1

脂肪体 biological replicate 1

FB2

脂肪体 biological replicate 2

FB3

脂肪体 biological replicate 3

MT1

マルピーギ管 biological replicate 1

MT2

マルピーギ管 biological replicate 2

MT3

マルピーギ管 biological replicate 3

TT1

精巣 biological replicate 1

TT2

精巣 biological replicate 2

TT3

精巣 biological replicate 3

OV1

卵巣 biological replicate 1

OV2

卵巣 biological replicate 2

OV3

卵巣 biological replicate 3

BN_FB1

脂肪体(SRA data) biological replicate 1

BN_FB2

脂肪体(SRA data) biological replicate 2

BN_FB3

脂肪体(SRA data) biological replicate 3

BN_MG1

中腸(SRA data) biological replicate 1

BN_MG2

中腸(SRA data) biological replicate 2

BN_MG3

中腸(SRA data) biological replicate 3

BN_MT1

マルピーギ管(SRA data) biological replicate 1

BN_MT2

マルピーギ管(SRA data) biological replicate 2

BN_MT3

マルピーギ管(SRA data) biological replicate 3

BN_SG1

絹糸腺(SRA data) biological replicate 1

BN_SG2

絹糸腺(SRA data) biological replicate 2

BN_SG3

絹糸腺(SRA data) biological replicate 3

BN_TT1

精巣(SRA data) biological replicate 1

BN_TT2

精巣(SRA data) biological replicate 2

BN_TT3

精巣(SRA data) biological replicate 3

target_id

Reference transcriptomic data内の各trascript のID