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このデータベースについて

クラスターと生物種数の表

データ説明
データ名
クラスターと生物種数の表
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00464-010
データ内容の説明
クラスター、クラスターの代表配列ID、その長さ、クラスターに含まれる配列の数、生物種、 95の生物種毎のそのクラスターに属する配列数をタブ区切りテキストファイル形式にまとめた表。
データファイル
データファイル名 :
all95.tbl.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
4.53MB
簡易検索URL
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データ取得方法

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解析方法

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データ件数

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データ詳細
項目名 項目の説明
Number

クラスターID

ID

配列ID

Length

配列長

seqs

クラスターに属する配列数

homologs

クラスターに属する配列数

ATH

Arabidopsis thalianaの配列で、クラスターに属する配列数

OSA

Oryza sativaの配列で、クラスターに属する配列数

PoTR

Populus tricocarpaの配列で、クラスターに属する配列数

PPT

Physcomitrella patensの配列で、クラスターに属する配列数

CRE

Chlamydomonas reinhardtiiの配列で、クラスターに属する配列数

OTAU

Ostreococcus tauriの配列で、クラスターに属する配列数

CME

Cyanidioschyzon merolaeの配列で、クラスターに属する配列数

GTH

Guillardia thetaの配列で、クラスターに属する配列数

PFA

Plasmodium falciparumの配列で、クラスターに属する配列数

PTR

Phaeodactylum tricornutumの配列で、クラスターに属する配列数

TPS

Thalassiosira pseudonanaの配列で、クラスターに属する配列数

Ter

Trichodesmium erythraeum 405 1の配列で、クラスターに属する配列数

Ana

Anabaena sp. PCC 7120の配列で、クラスターに属する配列数

Ava

Anabaena variabilis ATCC 29413の配列で、クラスターに属する配列数

Npun

Nostoc punctiforme sp. PCC73102の配列で、クラスターに属する配列数

Syn

Synechocystis sp. PCC 6803の配列で、クラスターに属する配列数

Glv

Gloeobacter violaceusの配列で、クラスターに属する配列数

Tel

Thermosynechococcus elongatusの配列で、クラスターに属する配列数

YelA

Cyanobacterium Yellowstone A-primeの配列で、クラスターに属する配列数

YelB

Cyanobacterium Yellowstone B-primeの配列で、クラスターに属する配列数

S63

Synechococcus sp. PCC 6301の配列で、クラスターに属する配列数

S79

Synechococcus sp. PCC 7942の配列で、クラスターに属する配列数

S81

Synechococcus sp. WH8102の配列で、クラスターに属する配列数

S93

Synechococcus sp. CC9311の配列で、クラスターに属する配列数

S96

Synechococcus sp. CC9605の配列で、クラスターに属する配列数

S99

Synechococcus sp. CC9902の配列で、クラスターに属する配列数

Pm1

Prochlorococcus marinus MED4の配列で、クラスターに属する配列数

Pm2

Prochlorococcus marinus MIT9313の配列で、クラスターに属する配列数

Pm3

Prochlorococcus marinus SS120の配列で、クラスターに属する配列数

Pm4

Prochlorococcus marinus MIT9312の配列で、クラスターに属する配列数

Pm5

Prochlorococcus marinus NATL2Aの配列で、クラスターに属する配列数

Pm6

Prochlorococcus marinus MIT9301の配列で、クラスターに属する配列数

Pm7

Prochlorococcus marinus MIT9303の配列で、クラスターに属する配列数

Pm8

Prochlorococcus marinus MIT9315の配列で、クラスターに属する配列数

Pm9

Prochlorococcus marinus NATL1Aの配列で、クラスターに属する配列数

PmA

Prochlorococcus marinus AS9601の配列で、クラスターに属する配列数

Atu

Agrobacterium tumefaciens str. C58の配列で、クラスターに属する配列数

Bja

Bradyrhizobium japonicum USDA 110の配列で、クラスターに属する配列数

Bms

Brucella suis 1330の配列で、クラスターに属する配列数

Ccr

Caulobacter crescentus CB15の配列で、クラスターに属する配列数

Gox

Gluconobacter_oxydans_621Hの配列で、クラスターに属する配列数

Mes

Mesorhizobium sp. BNC1の配列で、クラスターに属する配列数

Mlo

Mesorhizobium loti MAFF303099の配列で、クラスターに属する配列数

Rhe

Rhizobium_etli_CFN_42の配列で、クラスターに属する配列数

Rle

Rhizobium leguminosarumの配列で、クラスターに属する配列数

Sme

Sinorhizobium meliloti 1021の配列で、クラスターに属する配列数

Rpa1

Rhodopseudomonas plustris BisA53の配列で、クラスターに属する配列数

Rpa2

Rhodopseudomonas plustris BisB4の配列で、クラスターに属する配列数

Rpa3

Rhodopseudomonas plustris BisB18の配列で、クラスターに属する配列数

Rpa4

Rhodopseudomonas plustris HaA2の配列で、クラスターに属する配列数

Rpal

Rhodopseudomonas plustrisの配列で、クラスターに属する配列数

Rrub

Rhodospirillum rubrum ATCC 11170の配列で、クラスターに属する配列数

Rde

Roseobacter denitrificans Och 114の配列で、クラスターに属する配列数

Rsh

Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029の配列で、クラスターに属する配列数

Rsp

Rhodobacter sphaeroides 2.4.1の配列で、クラスターに属する配列数

Eco

Escherichia coli K-12の配列で、クラスターに属する配列数

Pst

Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000の配列で、クラスターに属する配列数

Vvy

Vibrio vulnificus YJ016の配列で、クラスターに属する配列数

Bsu

Bacillus subtilis Marburg 168の配列で、クラスターに属する配列数

Sep

Staphylococcus epidermidis ATCC 12228の配列で、クラスターに属する配列数

Fal

Frankia alni ACN14aの配列で、クラスターに属する配列数

Fra

Frankia sp. CcI3の配列で、クラスターに属する配列数

Mtu

Mycobacterium tuberculosis H37Rvの配列で、クラスターに属する配列数

Sco

Streptomyces coelicolor A3(2)の配列で、クラスターに属する配列数

Rso

Ralstonia solanacearum GMI1000の配列で、クラスターに属する配列数

Cvi

Chromobacterium violaceum ATCC 12472の配列で、クラスターに属する配列数

Bma

Burkholderia mallei ATCC 23344の配列で、クラスターに属する配列数

Bpe

Bordetella pertussis Tohama Iの配列で、クラスターに属する配列数

Eba

Azoarcus sp EbN1の配列で、クラスターに属する配列数

Caur

Chloroflexus aurantiacusの配列で、クラスターに属する配列数

Cch

Chlorobium chlorochromatii CaD3の配列で、クラスターに属する配列数

Clim

Chlorobium limicola DSM 245の配列で、クラスターに属する配列数

Cph

Chlorobium phaeobacteroides DSM 266の配列で、クラスターに属する配列数

Ctep

Clorobium tepidumの配列で、クラスターに属する配列数

Pvi

Prostheocochloris vibrioformis DSM 265の配列で、クラスターに属する配列数

Afu

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304の配列で、クラスターに属する配列数

Hal

Halobacterium sp. NRC-1の配列で、クラスターに属する配列数

Mac

Methanosarcina acetivorans str. C2Aの配列で、クラスターに属する配列数

Pho

Pyrococcus horikoshii OT3の配列で、クラスターに属する配列数

Ape

Aeropyrum pernix K1の配列で、クラスターに属する配列数

Sto

Sulfolobus tokodaii str. 7の配列で、クラスターに属する配列数

Neq

Nanoarchaeum equitans Kin4-Mの配列で、クラスターに属する配列数

SCE

Saccharomyces cerevisiaeの配列で、クラスターに属する配列数

SPO

Schyzosaccharomyces pombeの配列で、クラスターに属する配列数

PHRA

Phytophthora ramorumの配列で、クラスターに属する配列数

PHSO

Phytophthora sojaeの配列で、クラスターに属する配列数

DCGR

Candida glabrata CBS138の配列で、クラスターに属する配列数

DKLA

Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140の配列で、クラスターに属する配列数

NCR

Neurospora crassa 74-OR23-1Aの配列で、クラスターに属する配列数

DPTM

Paramecium tetraureliaの配列で、クラスターに属する配列数

TET

Tetrahymena thermophila SB210の配列で、クラスターに属する配列数

NGR

Naegleria gruberiの配列で、クラスターに属する配列数

HSA

Homo sapiensの配列で、クラスターに属する配列数

DME

Drosophila melanogasterの配列で、クラスターに属する配列数

CEL

Caenorhabditis elegansの配列で、クラスターに属する配列数

Annotations

アノテーション