このデータベースについて
Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離
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データ名
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Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00451-004 |
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データ内容の説明
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異なる変異体のクロロフィル蛍光時系列データの類似度を2種類の方法で定量化した類似距離。 変異体と野生型の135点の蛍光時系列データを、135次元空間の表現型ベクトルと見なし、2つの変異体の表現型ベクトルがなす角度を類似距離として定義したtype 1、および、2つの変異体の蛍光時系列データの連続する２点間の差分値（傾き）の偏差二乗和を類似距離として定義したtype 2の2種類の方法で計算した。培養のばらつきによる誤差を最小にするため、変異体のデータは、その変異体と同じプレートにおいて培養された野生株のデータによってノーマライズしたのちにそれぞれの計算を行なっている。type1においては、変異体の蛍光強度を野性株の蛍光強度で割った値の対数をノーマライズデータとし、type2においては、変異体の傾きから野生型の傾きを引き算したものをノーマライズデータとした。 上述以外の詳細はOzaki & Sonoike (2009) Photosyn. Res. 101, 47-58を参照。 CSV形式のテキストファイル。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
fluorome_sim.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
30MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fluorome_sim | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列データを解析 |
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解析方法
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- |
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データ件数
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586,608件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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