このデータベースについて
(reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation
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データ名
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(reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01389-008.V003 |
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バージョン
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データ内容の説明
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FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。phase2.0で得られたヒト及びマウスのリード配列に対して、新たな参照配列(hg38/mm10)を使って再度マッピングを行った。 「basic」ディレクトリに含まれる各ファイルの内容は、下記の通りである。 <dl><dt>00_.assay_sdrf.txt:</dt><dd>各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。</dd><dt>*.bam:</dt><dd>リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。</dd><dt>*.bam.bai:</dt><dd>BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。</dd><dt>*.ctss.bed.gz:</dt><dd>CAGEタグの解析で同定した転写開始点の情報をBED形式で記載したファイル。</dd><dt>*.rdna.fa.gz:</dt><dd>リボソームDNAの配列データファイル (FASTA形式)。</dd></dl> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
fantom5_rp_exp_details.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
240KB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_rp_exp_details | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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- |
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解析方法
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HeliScopeCAGE法 (http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/heliscope.html)
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データ件数
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- |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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