(reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation
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Data name
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(reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01389-008.V003 |
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Description of data contents
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Time course and snapshot data by HeliScopeCAGE Human and mouse reads are re-mapped to new reference genome sequences (hg38/mm10). "basic" directory contains the following: <dl><dt>00_.assay_sdrf.txt:</dt><dd>Experimental information for each sample (tabbed text)</dd><dt>*.bam:</dt><dd>Binary read mapping results (BAM format)</dd><dt>*.bam.bai:</dt><dd>Indexes of BAM files</dd><dt>*.ctss.bed.gz:</dt><dd>TSS (CTSS) identified by CAGE tag analysis (BED format)</dd><dt>*.rdna.fa.gz:</dt><dd>rDNA sequences (FASTA format)</dd></dl> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Data file
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File name :
fantom5_rp_exp_details.zip
File URL :
File size :
237 KB
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Simple search URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_rp_exp_details#en | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Data acquisition method
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HeliScopeCAGE (http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/heliscope.html)
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Data analysis method
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Number of data entries
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