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このデータベースについて

Summary_CAGEScan

データ説明
データ名
Summary_CAGEScan
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01389-016.V003
バージョン
V3 10.18908/lsdba.nbdc01389-016.V003 更新履歴
データ内容の説明
CAGEscan法による実験結果のサマリを核酸配列ライブラリ毎にまとめたもの。
データファイル
データファイル名 :
fantom5_summary_cagescan.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
4.64 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_summary_cagescan
データ取得方法

CAGEscan法(http://fantom.gsc.riken.jp/jp/protocols/nanocage.html)

解析方法

-

データ件数

61 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Library ID

核酸配列ライブラリのID

Raw

計測されたリード数

Removed by extraction

抽出により削除したリード数

Extracted

解析により抽出したリード数

Removed by artifacts

削除した人工リード(artifact)数

Filtered for artifact

artifactを削除した後のリード数

Removed by rRNA

rRNAとして削除したリード数

Filtered for rRNA

rRNAを削除した後のリード数

Non alignment

ゲノムにマッピングできなかったリード数

Genome mapped

ゲノムにマッピングされたリード数

Duplicated

重複のあるリード数

Uniquely mapped

重複のないリード数

Inproperly mapped pairs

ゲノムに適切にマッピングされなかったリードのペア数

Properly mapped pairs

ゲノムに適切にマッピングされたリードのペア数

Total pairs

ペアの総数

Exon

エクソンにあるペア数

Intergenic

エクソンの間にあるペア数 

Promoter

プロモーターにあるペア数