このデータベースについて
HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation
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データ名
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HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc01389-001.V003 |
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バージョン
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データ内容の説明
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FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。 「basic」ディレクトリ以下のサブディレクトリに含まれる各ファイルの内容は、下記の通りである。 <strong>末尾に「CAGEScan」がつくサブディレクトリ(humanのみ)</strong> <dl><dt>00_.assay_sdrf.txt:</dt><dd>各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。</dd><dt>*.bam:</dt><dd>リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。</dd><dt>*.bam.bai:</dt><dd>BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。</dd><dt>*.3prime.fq.gz:</dt><dd>CAGEscanタグの3'末端側の配列データファイル（FASTQ形式）。</dd><dt>*.5prime.fq.gz:</dt><dd>CAGEscanタグの5'末端側の配列データファイル（FASTQ形式）。</dd><dt>*.clusters.bed.gz</dt><dd>CAGEscanによるクラスタリング結果を標準的なBED12形式で記載したファイル。4カラム目はクラスタの代表となるCAGEタグ名を、5カラム目はクラスタを構成するペア数を表す。</dd><dt>*.pairs.bed.gz</dt><dd>CAGEscan法によってマッピングされたペアのデータで、標準的なBED12形式で記載されている。4カラム目はリード配列のペア名を、5カラム目は2つのリード配列のマッピングクオリティの合計値を表す。</dd></dl> <strong>上記以外のサブディレクトリ</strong> <dl><dt>00_.assay_sdrf.txt:</dt><dd>各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。</dd><dt>*.bam:</dt><dd>リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。</dd><dt>*.bam.bai:</dt><dd>BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。</dd><dt>*.ctss.bed.gz:</dt><dd>CAGEタグの解析で同定した転写開始点の情報をBED形式で記載したファイル。</dd><dt>*.rdna.fa.gz:</dt><dd>リボソームDNAの配列データファイル (FASTA形式)。</dd></dl> | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
fantom5_experimental_details.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
273 KB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/fantom5_experimental_details | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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解析方法
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HeliScopeCAGE法 (http://fantom.gsc.riken.jp/protocols/heliscope.html)
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データ件数
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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