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このデータベースについて

Genechipデータ

データ説明
データ名
Genechipデータ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01077-003
データ内容の説明
<span style="color: #000000;" color="#000000">Affymetrix GeneChip</span> <ol> <li>HG-Focus</li> <li>HG-U133A</li> <li>HG-U133A_2</li> <li>HG-U133B</li> <li>HG-U133_Plus_2</li> <li>HG-U95A</li> <li>HG-U95Av2</li> <li>HG-U95B</li> <li>HG-U95C</li> <li>HG-U95D</li> <li>HG-U95E</li> <li>HuGene FL</li> <li>HuEx-1_0</li> </ol> &nbsp;
データファイル
データファイル名 :
dnaprobelocator_genechip.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
197MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dnaprobelocator_genechip
データ取得方法

Affymetrix社から提供しているプローブ情報を取得

解析方法

遺伝子・転写物との対応関係をマッピング処理にて取得

データ件数

5,144,283件

データ詳細
項目名 項目の説明
 probe_set

 GeneChipのアレイ名

 probe

 GeneChipのprobe set名

 no

 プローブセットにおけるHIT-IDの違いに基づいた通し番号

 total_no

 プローブセットに対応するHIT-IDの数

 hit

 H-Invitational transcript ID (HIT) 

 hix

 H-Invitational cluster ID (HIX) 

 acc

 GenBank accession ID

 hit_cnt

 プローブセット中の特定のHIT 配列に結合するプローブの数

 info

 プローブマッピング位置情報 (各プローブの開始座標:終了座標:プローブの成分となる配列のID:ストランド:ミスマッチ数)

 min_pos

 最小座標

 max_pos

 最大座標