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このデータベースについて

Agilentデータ

データ説明
データ名
Agilentデータ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01077-002
データ内容の説明
<span style="color: #000000;" color="#000000">Agilent社 Agilent-012097 Human 1A Oligo Microarray (V2) (G4110B) <span style="color: #000000;" color="#000000">Agilent社</span> Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray (G4112A)</span>
データファイル
データファイル名 :
dnaprobelocator_agilent.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
5.4MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dnaprobelocator_agilent
データ取得方法

Agilent社から提供しているプローブ情報を取得

解析方法

遺伝子・転写物との対応関係をマッピング処理にて取得

データ件数

294,045 件

データ詳細
項目名 項目の説明
 probe_set

 プローブセットIDPGID215:Human 1A Oligo MicroarrayPGID247:Whole Human Genome Oligo Microarray

 probe

 プローブ名 (AgilentのSPOT_ID)

 no

 プローブに結合する複数のHIT_IDにおける通し番号

 total_no

 プローブが結合するHITの数

 hit

 H-Invitational transcript ID (HIT) 

 hix

 H-Invitational cluster ID (HIX) 

 acc

 GenBank accession number

 hit_cnt

 特定のHITへのプローブの結合領域の数

 info

 プローブの結合位置情報 (結合開始座標:終了座標:ストランド:ミスマッチ数)

 min_pos

 プローブが結合するHITの中での最小座標

 max_pos

 プローブが結合するHITの中での最大座標