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このデータベースについて

遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析 - 冷凍ストレス

データ説明
データ名
遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析 - 冷凍ストレス
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00953-006
データ内容の説明
パン酵母は、冷凍生地製パン過程において、凍結・融解に伴う冷凍ストレスに曝されます。そこで、冷凍ストレス耐性に必要とされる遺伝子を明らかにするため、非必須遺伝子の破壊株セットを用いたゲノムワイドな冷凍ストレス感受性株のスクリーニングを行いました。その結果、冷凍ストレス感受性を示す58株の遺伝子破壊株を同定することが出来ました。感受性株の破壊遺伝子の中には、液胞酸性化や細胞壁形成に関与するものが多く含まれていました。冷凍ストレス感受性株の多くは、酸化ストレスや細胞壁形成阻害剤に対する感受性を示したことから、冷凍障害には少なくとも二つのメカニズム(酸化ストレス、細胞壁欠損)が介在する可能性が示唆されました。
データファイル
データファイル名 :
CSV形式: dgby_freeze_thaw_stress.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
88KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dgby_freeze_thaw_stress
データ取得方法

YPD培地で30℃で23時間(非ストレスの対照では16時間)培養した後の630nmのODをマイクロタイタープレートリーダー(Elx800)で測定

解析方法

変異株と野生型BY4743のOD比を計算

データ件数

4,713件

データ詳細
項目名 項目の説明
ORF

ORF名、SGD(Saccharomyces Genome Database;http://www.yeastgenome.org/) におけるSystematic Name

GENE

遺伝子名、SGDにおけるStandard Name

Growth rate BM/BW

非ストレス条件の増殖速度(変異型/野生型の比)

Growth rate (AM/AW)/(BM/BW)

凍結融解後の増殖速度(変異型/野生型の比)のストレス無しでの増殖速度(変異型/野生型の比)に対する比

DESCRIPTION (MIPS)

MIPS(Munich Information Center for Protein Sequences)における遺伝子の説明