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生命科学系データベースアーカイブ
dbQSNP

データベースの説明

データベース全般

info 名称 dbQSNP
info 名称の読み方 ディービーキュースニップ
info 別名 Database of SNPs in human genome with allele frequency information
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
林 健志*
作成者英名:
Kenshi Hayashi*
作成者所属:
九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター（作成時）
作成者の文献検索:
作成者氏名:
田平 知子
作成者英名:
Tomoko Tahira
作成者所属:
九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター（作成時）
作成者の文献検索:
作成者氏名:
日笠 幸一郎
作成者英名:
Koichiro Higasa
作成者所属:
九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター（作成時）
作成者の文献検索:
info 連絡先 

金城学院大学薬学部
田平 知子
E-mail: dbqsnp address

info データベース分類 ヒト遺伝子/疾患-多型データベース全般
info 生物種 
生物種名:
Homo sapiens
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

ヒトゲノム上のSNPを検索し，そのアレル頻度を種々のプールDNAのSSCP解析により決定した結果を表示する。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

主に転写開始点周辺に分布するSNPを探索し、その種々のヒト集団でのアレル頻度をプールDNA-SSCP解析によって高精度で決定しており、様々な表現型を支配する遺伝的背景の解析に役立つ。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
文部科学省　21世紀型革新的先端ライフサイエンス技術開発プロジェクト(2002~2005年度）「テイラーメイド医療基盤整備プログラム」
info 論文等 
文献名:
dbQSNP: a database of SNPs in human promoter regions with allele frequency information determined by single-strand conformation polymorphism- based method
著者名:
Tahira T, Baba S, Higasa K, Kukita Y, Suzuki Y, Sugano S, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Human Mutation 2005 Aug. 26(2) 69-77
外部リンク:
 
文献名:
Precise estimation of allele frequencies of single-nucleotide polymorphisms by a quantitative SSCP analysis of pooled DNA.
著者名:
Sasaki T, Tahira T, Suzuki A, Higasa K, Kukita Y, Baba S, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
Am J Hum Genet. 2001 Jan;68(1):214-8.
外部リンク:
 
文献名:
Single-stranded conformational polymorphism analysis using automated capillary array electrophoresis apparatuses.
著者名:
Baba S, Kukita Y, Higasa K, Tahira T, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
Biotechniques. 2003 Apr;34(4):746-50.
外部リンク:
 
文献名:
Software for machine-independent quantitative interpretation of SSCP in capillary array electrophoresis (QUISCA)
著者名:
Higasa K, Kukita Y, Baba S, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
Biotechniques. 2002 Dec;33(6):1342-8.
外部リンク:
 
文献名:
Association of polymorphisms in complement component C3 gene with susceptibility to systemic lupus erythematosus.
著者名:
Miyagawa H, Yamai M, Sakaguchi D, Kiyohara C, Tsukamoto H, Kimoto Y, Nakamura T, Lee JH, Tsai CY, Chiang BL, Shimoda T, Harada M, Tahira T, Hayashi K, Horiuchi T.
雑誌名/掲載年月/号:
Rheumatology (Oxford). 2008 Feb;47(2):158-64
外部リンク:
 
文献名:
Estimation of SNP allele frequencies by SSCP analysis of pooled DNA
著者名:
Tahira T, Kukita Y, Higasa K, Okazaki Y, Yoshinaga A, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Methods in Molecular Biology 578:193-207 (2009)
外部リンク:
 
文献名:
Optimization of capillary array electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis for routine molecular diagnostics
著者名:
Jespersgaard C, Larsen LA, Baba S, Kukita Y, Tahira T, Christiansen M, Vuust J, Hayashi K, Andersen PS
雑誌名/掲載年月/号:
Electrophoresis 27: 3816-3822 (2006)
外部リンク:
 
文献名:
Multicolor post-PCR labeling of DNA fragments with fluorescent dideoxynucleotides.
著者名:
Kukita Y, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
BioTechniques 33: 502-506 (2002)
外部リンク:
 
文献名:
Hemi-stranded SSCP analysis of single-nucleotide polymorphisms in short sequence-tagged sites.
著者名:
Kukita Y, Manago S, Baba S, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
BioTechniques 33:1118-1121 (2002)
外部リンク:
 
文献名:
SSCP analysis of point mutations by multicolor capillary electrophoresis.
著者名:
Hayashi K, Wenz HM, Inazuka M, Tahira T, Sasaki T, Atha DH
雑誌名/掲載年月/号:
Methods in Molecular Biology 163: 109-126 (2001)
外部リンク:
 
文献名:
Recent enhancements in SSCP.
著者名:
Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Genetic Analysis: Biomolecular Engineering 14: 193-196 (1999)
外部リンク:
 
文献名:
SSCP analysis of long DNA fragments in low pH gel
著者名:
Kukita Y, Tahira T, Sommer SS, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Human Mutation 10: 400-407 (1997)
外部リンク:
 
文献名:
One-tube post-PCR fluorescent labeling of DNA fragments
著者名:
Inazuka M, Tahira T, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Genome Research 6: 551-557 (1996)
外部リンク:
 
文献名:
PCR-SSCP: A method for detection of mutations
著者名:
Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Genetic Analsysis: Techniques and Applications 9: 73-79 (1992)
外部リンク:
 
文献名:
PCR-SSCP: A simple and sensitive method for detection of mutations in the genomic DNA
著者名:
Hayashi, K
雑誌名/掲載年月/号:
PCR Methods and Applications 1: 34-38 (1991)
外部リンク:
 
文献名:
Rapid and sensitive detection of point mutations and DNA polymorphisms using the polymerase chain reaction
著者名:
Orita M, Suzuki Y, Sekiya T, Hayashi K
雑誌名/掲載年月/号:
Genomics 5: 874-879 (1989)
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 


※オリジナルサイトでの公開を終了

info オリジナルサイト （運用終了） http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/
info 運用開始年月日 2002/10/23
info 最終更新年月日 2008/9/22
info 統括サイト (運用終了)
info データの一括ダウンロードサイト (運用終了)
info 参照先データベース -
info 一覧表示 無し
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し