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このデータベースについて

構造的ゆらぎデータ

データ説明
データ名
構造的ゆらぎデータ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00400-004
データ内容の説明
タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ(構造がゆらいでいる)領域を登録する。
データファイル
データファイル名 :
confc_disorder.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
3.7 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_disorder
データ取得方法

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)

解析方法

構造的ゆらぎの大きい部位を求めるために、温度因子の値のZ soreを計算し、Z scoreの大きい領域を決める。

データ件数

130,563 件

データ詳細
項目名 項目の説明
confID

このテーブルのID

classID

構造変化のクラス

pdbID

PDB ID

pdbChain

PDBチェインID

method

実験方法

program

リファイメントプログラム

temperature

実験時の温度

resolution

解像度

Rfactor

R因子

depositDate

登録日

depositDateClass

日付の書式

ECnumber

EC番号

SCOPID

SCOP ID

domainNumber

ドメイン数

complex

複合体の種類

SEQRESLength

SEQRESの残基長

ATOMLength

ATOMの残基長

REMARK465

REMARK 465(消失残基記述行)の使用の有無

disorderNumber

ディスオーダー領域の数

disSumLength

ディスオーダー残基の総数

maxDisLength

最長のディスオーダー領域

minDisLength

最短のディスオーダー領域

disSeqresPosition

SEQRESでのディスオーダー領域の位置

disAtomPosition

ATOMでのディスオーダー領域の位置

temperatureFactorAve

温度因子の平均

temperatureFactorStddev

温度因子の標準偏差

checkOccupy

1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無

modelNumber

MODEL NUMBERの使用の有無