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生命科学系データベースアーカイブ

The NAISTrap database

トラップされた遺伝子に関する情報

データ説明

info データ名 トラップされた遺伝子に関する情報
info DOI 
info データ内容の説明 

ES細胞クローンでトラップされた遺伝子の情報と、回収されたcDNA断片の塩基配列。

info データファイル 
データファイル名:
naistrap_db.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/naistrap_db/LATEST/naistrap_db.zip
ファイルサイズ:
107KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

poly-A trap 型ベクターによってランダムに遺伝子をトラップし、 その cDNA 断片を 3’ RACE 法（特殊な PCR 技術）を用いて増幅して塩基配列を得ている

info 解析方法 

3' RACE により得られた塩基配列を用いて BLAST検索等を実施し、トラップした遺伝子を特定している。

info データ件数 

585件

データ詳細

項目名項目の説明
Clone number クローン番号
Trapped gene トラップ（破壊）された配列の相同性検索結果のトップヒットの遺伝子情報
Expression in ES cells ES細胞での遺伝子発現
NT: not tested
Identity トラップされた遺伝子の塩基配列の相同性検索結果のトップヒットのIdentity
CDS in mRNA mRNA内のコーディング領域
Deleted region 欠失のおきた領域
Trapped seq トラップされた塩基配列


データ中の各注釈の意味は下記になります。

(*) Ambiguity remains about the 5' border of the deleted region.
(**) "Unknown genes" stand for the DNA segments whose nucleotide sequences were 
     either (1) found only in the genomic DNA contigs without any functional
     annotations or (2) not found anywhere in the current NCBI genome databases.
(***) The reverse (i.e., antisense) strand of a known gene was trapped.
(****) The trapped segment contained repetitive DNA sequences.