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項目名 項目の説明
dbQSNP_id

dbQSNPにおけるID

contig_id

STSと最も高い homologyを示したGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) のID

rs#

dbSNP refSNPでのaccession #. (dbSNP Build 128)

allele_1

allele 1の配列

allele_2

allele 2の配列

AF_allele_1

allele 1のアレル頻度

AF_allele_2

allele 2のアレル頻度

pool_id

DNAプールのID (下記参照、いずれも末梢血リンパ球由来のDNA) 西欧人のプールとしては、CAU200 (Caucasian Panel of 200; HD200 としてコリエル医学研究所から入手)を主に使用した。このほかに、CP (CEPHの両親世代)、COP (HD100)も使用。 日本人のプールとしては、主にJSA426 (九州地区の健常人集団)を用いた。日本各地で収集された健康人DNAのプールも一部で用いた (JPK, JPK2, JPK3, JCM253, NCEP, NCL_P, NCP269, NCE_SP, JNCL_SP)。 このほかに、複数の地域の健常人集団(JPK、JPK2、JPK3、JCM253、NCEP、NCL_P、NCP269、NCE_SP、 JNCL_SP)、乳がん患者の試料(BREP、BRLP、JBRE_SP、 JBRL_SP)、 九州地区の全身性エリテマトーデス患者の試料 ( SLEP264、SLEP183)も用いた。

#individual

プールに含まれる個人の人数

strand

STSのforward strandをGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) と比べた場合の向き。SNPは常にSTSのforward strandで記述してあることに注意。