| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| codon_posi |
コドン中の多型の位置 |
| dbsnp_rs_id |
dbSNPにおけるrs (reference SNP) number |
| dbsnp_ss_id |
dbSNPにおけるss (submitted SNP) number |
| snp_id |
JSNP ID |
| snp_type |
多型の種類:SNPまたはIND(挿入/欠失) |
| 5_flank_seq |
多型の5'側の配列 |
| na_var |
塩基多型 |
| 3_flank_seq |
多型の3'側の配列 |
| for_primer |
e-PCRにおけるフォワードプライマー塩基配列 |
| back_primer |
バックワードプライマー塩基配列 |
| product_size |
PCR産物の配列長 |
| freq_minor |
JSNPオリジナルのマイナーアレル頻度(-1:頻度情報なし) |
| freq_major |
JSNPオリジナルのメジャーアレル頻度 |
| chr |
多型がマッピングされた染色体番号 |
| chr_start |
染色体上の多型の開始位置 |
| chr_end |
染色体上の多型の終了位置 |
| chr_direct |
染色体に対する前後配列の向き |
| contig_acc |
多型がマップされたゲノムコンティグ(RefSeq NT)のアクセッション番号 |
| contig_start |
ゲノムコンティグ上の多型の開始位置 |
| contig_end |
ゲノムコンティグ上の多型の終了位置 |
| contig_direct |
ゲノムコンティグに対する前後配列の向き |
| hit_count |
ゲノム全体に対して多型をマップできた位置の数 |
| gene_na_acc |
多型をマップした遺伝子(RefSeq NM/XM)のアクセション |
| gene_aa_acc |
多型をマップした遺伝子(RefSeq NP/XP)のアクセション |
| symbol |
多型をマップした遺伝子の略称 |
| locus_id |
多型をマップした遺伝子(LocusLink)のID |
| gene_direct |
遺伝子の向きに対する前後配列の向き +:同じ場合
|
| str_type |
多型がマップされた遺伝子構造
|
| aa_var |
アミノ酸残基の変化 |
| codon_var |
コドンの変化 |