| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| RNA extraction |
RNA抽出の実験手法 |
| Category |
実験のカテゴリ |
| Extract name |
実験の内部ID |
| FF ontology |
FANTOMで定義されたオントロジーのID |
| Description |
実験の説明 |
| Catalog ID |
RNAのカタログID |
| Species |
生物種 (ヒトまたはマウス) |
| Sex |
性別 |
| Age |
年齢 |
| Developmental stage |
発達段階 |
| Tissue |
組織 |
| Cell lot |
細胞のロット番号 |
| Cell type |
細胞の種別 |
| Catalogue ID |
細胞のカタログ番号 |
| Collaboration |
共同研究先 |
| Provider |
細胞の提供元 |
| Extraction protocol |
RNA抽出の実験手法 |
| Material type |
RNAサンプルの種別 |
| RNA tube |
RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。 |
| Sample name |
サンプル名 |
| RNA ID |
RNAの内部ID |
| Comment on RNA |
RNAに関するコメント |
| ratio_260/230 |
サンプルの吸光度比(260nm/230nm) |
| ratio_260/280 |
サンプルの吸光度比(260nm/280nm) |
| Concentration |
RNA濃度 |
| RNA Integrity number |
RIN値 |
| lsid |
サンプルグループのID |
| Library protocol |
ライブラリ化の実験手法 |
| Library ID |
ライブラリID |
| Sequence protocol |
配列決定の手法 |
| Machine name |
マシン名 |
| Run name |
ラン名 |
| Flowcell channel |
フローセルのチャネル |
| Alignment protocol |
配列マッピングの手法 |
| BAM file |
リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式) |
| BAI file |
BAMファイルのインデックスファイル |
| CAGE TSS file |
CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式) |
| Barcode |
RNAサンプル識別のためのバーコード配列 |
| Ribosomal DNA sequence file |
リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式） |