独自にアミノ酸配列に付与した通し番号

独自にゲノムに付与した通し番号

膜タンパク質予測ツールであるSOSUIを使い、ヘリックス型膜タンパク質の判別を行った結果

アミノ酸組成を使った統計的手法（TMBETADISC-COMP）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果

ジペプチドの出現傾向を使った統計的手法（TMBETADISC_DIPEPTIDE）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果

上記のモチーフを使った統計的手法（TMBETADISC-MOTIF）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果

アミノ酸組成とジペプチド出現傾向をSVM（Support Vector Machine）で機械学習を行った分類器（TMBETA-SVM）を使い、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果

FASTAファイルに記載されたアミノ酸配列データのヘッダ行

アミノ酸配列

新たに開発した手法により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果。 本手法は以下のステップで実行される。
β-バレル型膜タンパク質と球状タンパク質のジペプチドの出現傾向を用い、β-バレル型膜タンパク質を検出する
さらに、β-バレル型膜タンパク質とヘリックス型膜タンパク質のジペプチドの出現傾向を用い、β-バレル型膜タンパク質を絞り込む
配列長が50以下のタンパク質を除く
SOSUIで膜貫通ヘリックス部位が2箇所以上予測されたタンパク質を除く
80%の配列領域において、PDBに登録されている球状タンパク質とヘリックス型膜タンパク質に対し、70%を超える同一性のあるタンパク質を除く
SWISS-PROTに登録されている球状タンパク質とヘリックス型膜タンパク質に対し、80%を超える同一性のあるタンパク質を除く