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Yeast Interacting Proteins Database

Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(オリジナル版）

データ説明

Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(オリジナル版）
Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。 遺伝子情報（gene name, description)は論文(*1)発 表時のデータ。 データ件数は4,549件。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル名: full_original.zip
データのURL: ftp://ftp.dbcls.jp/archive/yeast_y2h/LATEST/full_original.zip
ファイルサイズ: 180KB
http://togodb.biosciencedbc.jp/yipd_full
酵母２ハイブリッド法（Fields, S. & Song, O. K. (1989) Nature (London) 340, 245-246.）
実験によって取得された相互作用の信頼度の指標として、酵母蛋白質とその相互作用についての文献情報等を、 YPD（Yeast Proteome Database, Costanzo, M. C., Hogan, J. D., Cusick, M. E., Davis, B. P., Fancher, A. M., Hodges, P. E., Kondu, P., Lengieza, C., Lew-Smith, J. E., Lingner, C., et al. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 73-76.）等から収集し記載している。
4,549件

データ詳細


項目名 項目の説明
Bait ORF BaitのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name
Bait gene name Baitの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name
Bait description Baitのアノテーション、SGDにおけるDescription
Rows with this bait as bait このBait ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Rows with this bait as prey このBait ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Prey ORF PreyのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org） におけるSystematic Name
Prey gene name Preyの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name
Prey description Preyのアノテーション、SGDにおけるDescription
Rows with this prey as prey このPrey ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Rows with this prey as bait このPrey ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Literature on bait（YPD） Baitに関する文献数、YPD(Yeast Proteome Database)(*2)か ら取得
Literature on prey（YPD） Preyに関する文献数、YPDから取得
Literature shared by bait and prey Bait,Preyに関して共通する文献数、YPDから取得した文献数に基づき計算
Literature sharing score PreyとBaitで、文献中の共起に関するスコアを計算式に基づき計算
スコアの計算式:
CuraGen（0 or 1） CuraGenによる調査（0または1)、Uetz et al.(*3)か ら取得
S. Fields（0 or 1） S.Fieldsによる調査（0または1)、Uetz et al.から取得
Association(0 or 1,YPD) 会合（0または1)、YPDから取得
Complex (0 or 1,YPD) 複合体形成（0または1)、YPDから取得
Synthetic lethality（0 or 1,YPD） 合成致死性（0または1)、YPDから取得
Co-induced by（YPD） 両遺伝子の発現を誘導する因子、YPDから取得
Co-repressed by（YPD） 両遺伝子の発現を抑制する因子、YPDから取得
Not affected by（YPD） これらの遺伝子の発現に影響のない因子、YPDから取得
Interologs 相互作用するタンパク質の対他生物種のオーソログ間に存在するインタラクションの数、Database of Interacting Proteins(*4)か ら取得
Expression similarity (BRITE) KEGG BRITE(*5)か らの取得した発現データ。（値が0.9以上の高いもののみ）
Alternative path with 1 intervening protein 一つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算
Alternative path with 2 intervening proteins 二つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算
IST hit Interaction Sequence Tags（IST）のヒット数（相互作用の検出数、再現性の指標）
IST hit in the opposite bait/prey orientation BaitとPreyが反転した組み合わせのIST hitの数


*1 A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome.,
Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6.
*2 The yeast proteome database (YPD) and Caenorhabditis elegans proteome database (WormPD): comprehensive resources for the organization and comparison of model organism protein information.,
Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6.
*3 A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae.,
Uetz P, Giot L, Cagney G, Mansfield TA, Judson RS, Knight JR, Lockshon D, Narayan V, Srinivasan M, Pochart P, Qureshi-Emili A, Li Y, Godwin B, Conover D, Kalbfleisch T, Vijayadamodar G, Yang M, Johnston M, Fields S, Rothberg JM., Nature. 2000 Feb 10;403(6770):623-7.
*4 DIP: the database of interacting proteins.,
Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):289-91.
*5 KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes.,
Kanehisa M, Goto S., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):27-30.