高密度連鎖地図情報
| データ説明 | |||||||||||||||||||||||||||||
データ名
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高密度連鎖地図情報 | ||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00318-02-002 |
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データ内容の説明
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1174個の別々のポジションをもつ2275個のDNAマーカーを用いて構築した、RFLP(制限酵素断片長多型)によるイネ高密度連鎖地図の情報 | ||||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
rgp_gmap98_detail.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
37.2 KB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap98_detail | ||||||||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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マーカーはNipponbareのcDNAクローン由来のものを用いました。遺伝子座の位置は、NipponbareとKasalath間での組替え価を実験的に調べることから算出しました。マーカーの配列に対するアノテーションはタンパク質データベースを用いて推定しました。地図の図で別の位置になっているのは1174ポイントです。染色体毎に、159, 129, 148, 95, 107, 104, 88, 83, 54, 68, 79, 60の計1174です。 |
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解析方法
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NipponbareとKasalathに由来する186のF2個体をmapping populationとして用いました。
W番号は、M.D.Gale氏（John Innes Centre、英国）によって開発されたクローンのPSR数と一致します。Vで示されるマーカーは、他の作用で分離したSINE1r6を含むゲノムとcDNAクローンの両方を含みます。クローン番号に続く文字A, B, C, Dは、それらの遺伝子座が、多重コピー配列の多型DNA断片の１つを使ったマッピングにより割り当てられたことを示しています。Yの番号の後のL, Rは、YACクローンのそれぞれ左右端を示しています。 RFLPマーカーの位置決定がコードするタンパク質の名称等はPIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)での類似度から推定されたものです。 |
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データ件数
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2,275 件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||
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