DNAマーカー詳細情報

マップを作るための多型のDNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)と、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴由来です。他にコムギと他のイネの品種由来のDNAクローン約90個も使用しました。

NotI-linking クローンは内部にNotI切断部位を持つ日本晴ゲノムのSau3AI切断DNA断片から出来ています。NotI切断部位にHygromycin耐性遺伝子を組込むことにより、ハイグロマイシン耐性クローンとして選抜されました。
NotI-linkingクローンをマッピングする場合、T3, T7, Nos, 35Sプライマーを使用して、PCR産物を作成、または、特定の制限酵素で切断したDNA断片を作成して、サザンハイブリダイゼーションを行ないます。
プライマー配列は以下の通りです。
T3 5'-ATTAACCCTCACTAAAG-3'
T7 5'-AATACGACTCACTATAG-3'
35S 5'-TGTGGGTTAGCATTCTTTCTG-3'
Nos 5'-TTACTAGATCGGGAATTGCCA-3'
 
ほとんどのプローブの断片長はM4とRVプライマーによるPCR産物のサイズとして表記しています。プライマー配列は以下の通りです。
M4 5'-GTTTTCCCAGTCACGAC-3'
RV 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3'
 
WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報 に基づくものです。
マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。

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