このデータベースについて
クローン一覧
| データ説明 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ名
|
クローン一覧 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
DOI
|
10.18908/lsdba.nbdc00147-001 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
データ内容の説明
|
メダカcDNAクローンの3'及び5'末端配列の情報と各組織/発生段階別ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)及び全ライブラリを対象としたクラスター (Merge cluster)の情報。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
データファイル
|
データファイル名 :
medaka_full_length_cdna_clone.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
99MB
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
簡易検索URL
|
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/medaka_full_length_cdna_clone | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
データ取得方法
|
ABI3730XLを用いたサンガーシーケンス法により配列を取得 (Phrap法によるQuality check Phredスコア >30)し、FASTAによるクラスタリングを行っている。 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
解析方法
|
NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx（version 2.2.15）でトップヒットを採用。 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
データ件数
|
257,122件 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||