このデータベースについて
参照トランスクリプトームメタデータ
| データ説明 | |||||||||||||||||||||
データ名
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参照トランスクリプトームメタデータ | ||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc02443-001 |
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バージョン
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データ内容の説明
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参照トランスクリプトームデータのメタデータをGTF2フォーマットにて記述してある。 GFT2フォーマットについては、以下のサイトを参照。 <a href="http://mblab.wustl.edu/GTF22.html" target="_blank">http://mblab.wustl.edu/GTF22.html</a> | ||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
kaiko_transcript_data.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
3.9 MB
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簡易検索URL
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https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_transcript_data | ||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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カイコP50T（大造）系統の5齢3日目の幼虫から、脂肪体、中腸、マルピーギ管、精巣、 卵巣、前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺を取り出し、さらに中部絹糸腺をさらに前、中部、後部に分けてサンプリングした。サンプリングした組織をSOGEN (NIPPON GENE, Tokyo, Japan) と SV Total RNA Isolation System (Promega, Madison, WI) を用いてtotal RNAを抽出した。Total RNAをIllimina Novaseq 6000でシーケンスした。 |
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解析方法
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シーケンスした各fastqをTrimmomatic-version 0.36 で処理したのち、新規参照ゲノム配列にHisat2 version 2.1.0でマッピングしたのちstringtie version 1.3.3でassembleし各組織におけるtransciptデータを取得した。各サンプルのtransciptデータをmergeし、これを"reference transcirptome data"としgtf ファイルを得た。 |
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データ件数
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421,949 件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||
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