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このデータベースについて

Integrated List

データ説明
データ名
Integrated List
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00114-005
データ内容の説明
「マッピング情報」と「多形探索実験情報」を多型ごとにまとめたリスト。 ただし、2つ以上の染色体にマッピングされる場合は染色体ごとに別エントリとしている。 「各種リスト」 http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/search_list.html の「Show List by Chromosome」で提供されていた。
データファイル
データファイル名 :
jsnp_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
17.9 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/jsnp_list
データ取得方法

データ「Screening Information」「Mapping Information」より

解析方法

-

データ件数

198,236 件

データ詳細
項目名 項目の説明
JSNP ID

JSNP ID

Chromosome

染色体番号

Location

染色体バンド名

Evidence of Location

染色体バンド名の情報源
- GenBankの "/chromosome" 、"/map"
- EntrezGeneの "CHR"、"MAP"
- UniGeneの "CHROMOSOME"、"CYTOBAND"

In Gene

マッピング結果において多型が位置する遺伝子領域区分

promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション
promoter*2: GENSCANによる予測
promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流)
CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション(either positively or passively)
CDS*2: GENSCANによる予測
CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出
exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション(either positively or passively)
exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出
intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間
intron*2: CDS*2の間
intron*3: Exon*3やCDS*3の間
others: 遺伝子の周辺領域

Type

多型の種類

Frequencies

dbSNPにおけるマイナーアレル頻度(複数)
[ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度

allele

アレル塩基配列

dbSNP ss#

dbSNPにおけるss (submitted SNP) number

dbSNP rs#

dbSNPにおけるrs (reference SNP) number

HGVBase-ID

HGVbaseにおけるID

5' assay

多型の5’側の配列

3' assay

多型の3’側の配列

Mapping Accession

マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT)

Mapping Position

マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT)上の位置

Mapping Symbol

マッピングされた多型に関連する遺伝子名

Mapping OMIM-ID

マッピングされた多型に関連するOMIM ID

Screened Accession

多型探索実験で対象としたGenBank配列アクセション番号

Screened Position

多型探索実験で対象としたGenBank配列上の位置

Screened Symbol

多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連する遺伝子名

Screened OMIM-ID

多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連するOMIM ID