項目名 | 項目の説明 |
JSNP ID |
JSNP ID |
Chromosome |
染色体番号 |
Location |
染色体バンド名 |
Evidence of Location |
染色体バンド名の情報源
- GenBankの "/chromosome" 、"/map"
- EntrezGeneの "CHR"、"MAP"
- UniGeneの "CHROMOSOME"、"CYTOBAND"
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In Gene |
マッピング結果において多型が位置する遺伝子領域区分
- promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション
- promoter*2: GENSCANによる予測
- promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流)
- CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション(either positively or passively)
- CDS*2: GENSCANによる予測
- CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出
- exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション(either positively or passively)
- exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出
- intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間
- intron*2: CDS*2の間
- intron*3: Exon*3やCDS*3の間
- others: 遺伝子の周辺領域
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Type |
多型の種類 |
Frequencies |
dbSNPにおけるマイナーアレル頻度(複数)
[ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度
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allele |
アレル塩基配列 |
dbSNP ss# |
dbSNPにおけるss (submitted SNP) number |
dbSNP rs# |
dbSNPにおけるrs (reference SNP) number |
HGVBase-ID |
HGVbaseにおけるID |
5' assay |
多型の5’側の配列 |
3' assay |
多型の3’側の配列 |
Mapping Accession |
マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT) |
Mapping Position |
マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT)上の位置 |
Mapping Symbol |
マッピングされた多型に関連する遺伝子名 |
Mapping OMIM-ID |
マッピングされた多型に関連するOMIM ID |
Screened Accession |
多型探索実験で対象としたGenBank配列アクセション番号 |
Screened Position |
多型探索実験で対象としたGenBank配列上の位置 |
Screened Symbol |
多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連する遺伝子名 |
Screened OMIM-ID |
多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連するOMIM ID |