項目名 | 項目の説明 |
snp_id |
JSNP ID |
snp_type |
多型の種類:SNPまたはIND(挿入/欠失) |
5_flank_seq |
多型の5'側の配列 |
na_var |
塩基多型 |
3_flank_seq |
多型の3'側の配列 |
for_primer |
e-PCRにおけるフォワードプライマー塩基配列 |
back_primer |
バックワードプライマー塩基配列 |
product_size |
PCR産物の配列長 |
freq_minor |
JSNPオリジナルのマイナーアレル頻度(-1:頻度情報なし) |
freq_major |
JSNPオリジナルのメジャーアレル頻度 |
chr |
多型がマッピングされた染色体番号 |
chr_start |
染色体上の多型の開始位置 |
chr_end |
染色体上の多型の終了位置 |
chr_direct |
染色体に対する前後配列の向き |
contig_acc |
多型がマップされたゲノムコンティグ(RefSeq NT)のアクセッション番号 |
contig_start |
ゲノムコンティグ上の多型の開始位置 |
contig_end |
ゲノムコンティグ上の多型の終了位置 |
contig_direct |
ゲノムコンティグに対する前後配列の向き |
hit_count |
ゲノム全体に対して多型をマップできた位置の数 |
gene_na_acc |
多型をマップした遺伝子(RefSeq NM/XM)のアクセション |
gene_aa_acc |
多型をマップした遺伝子(RefSeq NP/XP)のアクセション |
symbol |
多型をマップした遺伝子の略称 |
locus_id |
多型をマップした遺伝子(LocusLink)のID |
gene_direct |
遺伝子の向きに対する前後配列の向き
|
str_type |
多型がマップされた遺伝子構造
CDS、exon、intron、5'-UTR、3'-UTR
|
aa_var |
アミノ酸残基の変化 |
codon_var |
コドンの変化 |
codon_posi |
コドン中の多型の位置 |
dbsnp_rs_id |
dbSNPにおけるrs (reference SNP) number |
dbsnp_ss_id |
dbSNPにおけるss (submitted SNP) number |