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生命科学系データベースアーカイブ

JSNP

Allele Frequency

データ説明

info データ名 Allele Frequency
info DOI 
info データ内容の説明 

各多型の日本人集団におけるアレル頻度。
多型84,651件のうち、13件は3種の集団(POP_*)で、39件は2種の集団（RIKEN_japanese_*）で頻度を調べている。

「Flat ｆiles」 ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/alleleFreq140508.txt として提供されていた。

info データファイル 
データファイル名:
jsnp_allele_freq.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/jsnp/LATEST/jsnp_allele_freq.zip
ファイルサイズ:
1.4 MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

多型探索実験と同じプライマーを用いて、Panel_IDで示す日本人集団のDNAサンプルを鋳型にマルチプレックスPCR法で増幅を行い、インベーダーアッセイ法（JBIC-allele、RIKEN_japanese_*）、TaqManアッセイ法（RIKEN-allele）、直接配列決定 / allelic discrimination chemistries / restriction enzyme genotyping 法（POP_*）のいずれかにより遺伝子型を決定した。

info 解析方法 

-

info データ件数 

84,716 件

データ詳細

項目名項目の説明
JSNP ID JSNP ID
Panel_ID 頻度を調べた日本人集団のID
  • JBIC-allele - 752 anonymous unrelated Japanese volunteers
  • RIKEN-allele - 893 anonymous unrelated Japanese volunteers
  • POP_102 - 144 unrelated Japanese volunteers with rheumatoid arthritis under informed consent
  • POP_103 - 16 unrelated Japanese volunteers with adult-onset Still's disease under informed consent
  • POP_104 - 92 healthy unrelated Japanese volunteers under informed consent
  • RIKEN_japanese_normal_weight - 711 unrelated japanese normal weight volunteers ( body mass index <= 25kg/m2 )
  • RIKEN_japanese_obese - 796 unrelated japanese obese patients ( body mass index >= 30kg/m2 )
dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number
dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number
allele-1 アレル1
allele-2 アレル2
allele-1 frequency アレル1の頻度
allele-2 frequency アレル2の頻度
the number of chromosomes examined 頻度を調べた染色体数（サンプルサイズ）