このデータベースについて

Allele Frequency

データ説明

データ名

Allele Frequency

DOI

10.18908/lsdba.nbdc00114-002

データ内容の説明

各多型の日本人集団におけるアレル頻度。多型84,651件のうち、13件は3種の集団(POP_*)で、39件は2種の集団（RIKEN_japanese_*）で頻度を調べている。「Flat ｆiles」 ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/alleleFreq140508.txt として提供されていた。

データファイル

データファイル名 :

jsnp_allele_freq.zip

データのURL :

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/jsnp/LATEST/jsnp_allele_freq.zip

ファイルサイズ :

1.4 MB

簡易検索URL

http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/jsnp_allele_freq

データ取得方法

多型探索実験と同じプライマーを用いて、Panel_IDで示す日本人集団のDNAサンプルを鋳型にマルチプレックスPCR法で増幅を行い、インベーダーアッセイ法（JBIC-allele、RIKEN_japanese_*）、TaqManアッセイ法（RIKEN-allele）、直接配列決定 / allelic discrimination chemistries / restriction enzyme genotyping 法（POP_*）のいずれかにより遺伝子型を決定した。

解析方法

データ件数

84,716 件

データ詳細

項目名	項目の説明
JSNP ID	JSNP ID
Panel_ID	頻度を調べた日本人集団のID JBIC-allele - 752 anonymous unrelated Japanese volunteers RIKEN-allele - 893 anonymous unrelated Japanese volunteers POP_102 - 144 unrelated Japanese volunteers with rheumatoid arthritis under informed consent POP_103 - 16 unrelated Japanese volunteers with adult-onset Still's disease under informed consent POP_104 - 92 healthy unrelated Japanese volunteers under informed consent RIKEN_japanese_normal_weight - 711 unrelated japanese normal weight volunteers ( body mass index <= 25kg/m2 ) RIKEN_japanese_obese - 796 unrelated japanese obese patients ( body mass index >= 30kg/m2 )
dbSNP ss#	dbSNPにおけるss （submitted SNP） number
dbSNP rs#	dbSNPにおけるrs （reference SNP） number
allele-1	アレル1
allele-2	アレル2
allele-1 frequency	アレル1の頻度
allele-2 frequency	アレル2の頻度
the number of chromosomes examined	頻度を調べた染色体数（サンプルサイズ）