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このデータベースについて

Polymorphism Sequence

データ説明
データ名
Polymorphism Sequence
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00114-001
データ内容の説明
多型(SNPと挿入/欠失)情報、およびそれらの前後配列。 「Flat files」 ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/imsSNP140508.fas および ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/imsIND140508.fas として提供されていた。
データファイル
データファイル名 :
jsnp_seq.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
10.6 MB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/jsnp_seq
データ取得方法

データ「Screening Information」より

解析方法

-

データ件数

197,195 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Database Name

データベース名
JSNP_SNP:一塩基多型
JSNP_InsDel_IND:挿入/欠失
JSNP_InsDel_MIC:マイクロサテライト

JSNP ID

JSNP ID
IMS-JSTで始まるID:東大医科研・JST由来
ssjで始まるID:理研遺伝子多型研究センターまたは東京女子医科大学由来

Allele Frequency

(簡易検索ページのみ)同一JSNP IDのアレル頻度情報へのリンク

Screening Information

(簡易検索ページのみ)同一JSNP IDの多型探索情報へのリンク

Mapping Information

(簡易検索ページのみ)同一JSNP IDのマッピング情報へのリンク

Integrated List

(簡易検索ページのみ)同一JSNP IDの統合リストへのリンク

dbSNP ss#

dbSNPにおけるss (submitted SNP) number

dbSNP rs#

dbSNPにおけるrs (reference SNP) number

5' Flanking Sequence

多型の5’側の配列

Observed

実験で得られたアレル

3' Flanking Sequence

多型の3’側の配列

Offset in Flanking Sequence

前後配列上の多型の位置

Total Length

トータル配列長

Accession No.

多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号

Offset in Record

多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置

Comment Type

多型が反復配列中に存在する場合は"1"を、多型の前後配列が反復配列と重複している場合は"2"を表示

Gene Symbol

多型が位置する遺伝子略称
(LocusLink,、GenBank、Unigeneによる)

JSNP previous ID

過去のJSNP ID
(IMS-JST104817~IMS-JST105472およびIMS-JST075266~IMS-JST075585はIDがssjへ変更されている)

JSNP reference ID

参照用JSNP ID
(複数のJSNP IDが同一の多型に与えられている場合)