このデータベースについて
ORFリスト
| データ説明 | |||||||||||||||||||||
データ名
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ORFリスト | ||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00471-002 |
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データ内容の説明
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234生物種ゲノムのORF一覧です。ここからORF配列情報、アライメント情報へリンクすることができます。 | ||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
genius_orf_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
15 MB
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簡易検索URL
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https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/genius_orf_list#ja | ||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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PDB, RefSeq, nr-aa, PROSITE, CATH |
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解析方法
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まず、PDBとnr-aa間でPSI-BLAST検索を行い、CATHの構造分類情報から得られた閾値を満たしたnr-aaのヒット領域を中間配列として集積した。次に、集積されたこれらの配列を対象として、各ゲノムのORF配列によるBLAST検索を行い、中間配列を媒介したPDB-ゲノムへの立体構造帰属を行った。 |
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データ件数
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817789 件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||
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