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このデータベースについて

DGGE

データ説明
データ名
DGGE
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01572-002.V003
バージョン
V3 10.18908/lsdba.nbdc01572-002.V003 更新履歴
V2 10.18908/lsdba.nbdc01572-002.V002 更新履歴
V1 10.18908/lsdba.nbdc01572-002.V001 -
データ内容の説明
DGGEによる土壌微生物相の分析結果。 ただし表示の便宜のため、Soilの大半の項目を含む。
データファイル
データファイル名 :
eddass_dgge.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
361 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/eddass_dgge
データ取得方法

各農耕地土壌から抽出されたDNAの微生物群集解析をPCR-DGGE法によって行った
詳しくは標準マニュアル(http://www.niaes.affrc.go.jp/project/edna/edna_jp/manual_pdf.html)を参照

解析方法

・DGGEゲル画像はGelCompar II ver. 5.1 (Applied Math, Kortrijk, Belgium) で解析された
・各多様性指数は標準化されたDGGEゲル画像のバンド情報から算出された

データ件数

6,759 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Accession Number (アクセッション番号)

-

Soil Icon

土壌群と土地利用を記号で表示

Accession Number (アクセッション番号)

管理者が指定する土壌登録番号
*Accession Numberの識別
・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す ・ハイフン後方について 例)001531-1, 001531-2・・・ 1処理区の2反復   001533-0 ・・・ 反復のない場合   001534-a, 001534-b ・・・ 1処理区内の2サブサンプル   001536-1a, 001536-1b ・・・ 1反復内の2サブサンプル   001538-1* ・・・ *はその反復(処理区)を代表するサンプルであることを示す   001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復(処理区)の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別   001541-1.mix ・・・ ドットの後の「mix」表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別   001542-1.repeat ・・・ ドットの後の「repeat」表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

-

DNA Marker Information (対象マーカー情報)

marker for bacterium, fungas, nematodeから選択

Lane Number (レーン番号)

DGGEゲル画像におけるレーン番号(左側から)

Quality (精度)

精度

DGGE Gel Image

DGGEゲル画像

Associated Data (関連データ)

-

Repeat Data (反復データ)

反復データがある場合に表示

Microorganisms (微生物)

他の微生物を対象としたデータがある場合に表示

Diversity Index (多様性指数)

-

Richness (R) (種の豊富さ)

種の豊富さ

Shannon index (H’) (シャノン指数)

シャノン指数

Simpson index (1-D) (シンプソン指数)

シンプソン指数

Sample Registration (サンプル登録)

-

Collector (採取者名)

採取者名

Affiliation (所属名)

所属名

Sampling Date (採取年月日)

採取年月日

Experimental Purpose (試験目的)

-

Experimental Purpose (試験目的)

例)肥料と収量の関係

Experimental Plan (試験設計)

-

Experimental Plan (試験設計)

例)X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプルCなどのように

Sample Information (サンプル情報)

-

Sample Information (サンプル情報)

DNA情報に相当するサンプルの情報 例)X処理のZ区の反復2番目

Experimental Plot (試験区面積)

-

Experimental Plot (試験区面積)

試験区面積

Sampling Site (採取場所)

-

Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17)

緯度(北緯)

Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17)

経度(東経)

Location * 非公開にしました(2019/10/17)

サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク

Note (備考)

備考

Origin (由来)

-

Origin (由来)

non-rhizosphere(非根圏)、rhizosphere(根圏)、その他から選択

Note (備考)

備考

Soil Groups (土壌群)

-

Soil Groups (土壌群)

農耕地土壌分類(第3次案)の24群から選択

Land Use (土地利用)

-

Land Use (土地利用)

田、普通畑、樹園地(果樹園・茶園)、草地(牧草地・放牧地等)、その他(耕作放棄地・非農耕地)から選択

Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性)

-

Soil Texture (土性)

土性11項目から選択

pH (pH (風乾土))

pH (風乾土)

EC (EC)

EC

Total C (炭素含有率)

炭素含有率

Total N (窒素含有率)

窒素含有率

Soil Biomass (土壌バイオマス)

微生物バイオマス量

Available P (可給態P)

トルオーグリン酸

Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量)

培養法(土壌標準分析測定法に準ずる)

Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性)

土壌呼吸活性

Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量))

土壌水分(生土あたりの含水量)

Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量)

陽イオン交換容量

The Others (その他)

その他

Crop (栽培作物)

-

Crop (作物名)

作物名

Cultivar (品種)

品種

Planting Density (1) (栽植密度)

密度(本/m2)

Planting Density (2) (栽培様式)

畝間 or 条間(cm)×株間(cm)

Note (備考)

備考

Organic Fertilizer (有機質肥料)

-

Kind of Organic Material (有機物の種類)

有機物の種類

Rate of Application (施用量)

施用量

Year of Continuous Application (連用年数)

連用年数

Time of Fertilizer Application (施用時期)

春、夏、秋、冬から選択

Chemical Fertilizer (化学肥料)

-

Kind of Fertilizer (肥料の種類)

肥料の種類

Rate of Fertilizer Application (施用量)

施用量

Year of Continuous Application (連用年数)

連用年数

Time of Fertilizer Application (施用時期)

春、夏、秋、冬から選択

Pesticide Application (薬剤散布)

-

Kind of Pesticide (薬剤の種類)

薬剤の種類

Rate of Pesticide Application (施用量)

施用量

Year of Continuous Application (連用年数)

連用年数

Time of Pesticide Application (施用時期)

春、夏、秋、冬から選択

Water Management (水管理)

-

Water Management (水管理)

水管理

Experimental Result (試験結果)

-

Experimental Result (試験結果)

調査データ(収量、病害発生等)

Cultivation History (栽培暦)

-

Former Cultivated Crop (前作物名)

前作物名

Seeding or Transplanting Date (作業日)

播種日または移植日(裸地などの場合はNDと記入)

Harvest Date (収穫日)

収穫日

Temperature (気温)

-

Temperature (気温)

気温

DNA Sequence (DNA)

-

DNA Extraction Methods (抽出法)

スタンダード法か、独自法か選択

Sample Name (サンプル名)

サンプル名

Target DNA (種類)

例)16S rDNA

Note (備考)

備考

Other Related Date (その他関連データ)

-

Gradient of Denaturing Agent (変性剤濃度勾配)

変性剤濃度勾配

Run Voltage (泳動電圧)

泳動電圧

Run Time (泳動時間)

泳動時間

Run Temperature (泳動温度)

泳動温度

Amount of Sample DNA (泳動DNA量)

泳動DNA量

Note (備考)

備考

Download

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DGGE Gel Image

DGGEゲル画像

Environmental Data

環境データ

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