このデータベースについて
SNP 一覧 (Phase III)
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データ名
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SNP 一覧 (Phase III) | ||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00036-002 |
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データ内容の説明
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D3（Phase III）のSNP一覧（1M SNP、87サンプル分）。 基本的にはKukita et al. (2010)記載の通りに作成されているが、論文のQCはより厳しくさらに２サンプル（CHM010とCHM035)が排除されている。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。 Phase IIIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。 | ||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
dhaplo_d3_snp_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
23.9MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dhaplo_d3_snp_list#ja | ||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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Affymetrix SNP 6.0 |
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解析方法
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全胞状奇胎(CHM)100検体をAffymetrix SNP 6.0 arrays でジェノタイピングした。アノテーションにはゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用した。Kukita et al.(2010)に記載の方法に従って、蛍光シグナル比(log2R)が低値であったSNP、CNV解析により欠失領域にあると判定されたSNP、およびヘテロと判定されたSNPをノーコールに変換した。このあとサンプルコール率およびSNPコール率によるQCを行い最終的に87CHMについての876KSNPのタイピング結果を取得した。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。 |
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データ件数
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876,399件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||
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