このデータベースについて
LD_bin Data (Phase II)
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データ名
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LD_bin Data (Phase II) | ||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00036-007 |
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データ内容の説明
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D2（Phase II）の連鎖不平衡領域（LD bin）の算出結果。 GFFフォーマットのファイルで、２種類の行が含まれており、カラム#3で区別されている。 ・LD_BIN行 ： LD binに含まれるSNP、さらにtagSNP、Best tagSNP(※)を示す。 ・LD_BIN_BOUNDARIES行 ： LD binの境界を示す。 （※Best tagSNP：LD bin内の他のSNPに対するr<sup>2</sup>の平均が最高値を示すSNP） | ||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
bin_2R80M5.gff.gz (GFF形式)
データのURL :
ファイルサイズ :
12.1MB
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簡易検索URL
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データ取得方法
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「Genotype Data (Phase II)」を解析 |
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解析方法
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連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr2を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr2が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr2の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectプログラムをハプロイドデータを扱えるように改変して用いた。 |
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データ件数
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SNP: 541,686件
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||
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