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このデータベースについて

遺伝子座

データ説明
データ名
遺伝子座
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00371-001
データ内容の説明
遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン
データファイル
データファイル名 :
astra_locus.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
887 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_locus
データ取得方法

イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。

解析方法

ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定

データ件数

17,034 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Locus ID

データベース固有のlocus ID

UniGene ID

UniGene ID

Species

生物種

Chr. No.

染色体番号

Strand

鎖

Matched genome

遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition

Matched genome (GI)

遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID

Matched genome (RefSeq)

遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID

Gene name

遺伝子名

Left

遺伝子座のゲノム上の位置(左)

Right

遺伝子座のゲノム上の位置(右)

GO

Gene Ontology

Variants

スプライシングバリアントの数

Splicing type

スプライシングタイプ (例:cassette)