遺伝子座

データ名

遺伝子座

DOI

データ内容の説明

遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン

データファイル

データファイル名:

astra_locus.zip

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887 KB

簡易検索URL

データ取得方法

イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。

解析方法

ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定

データ件数

17,034 件

項目名	項目の説明
Locus ID	データベース固有のlocus ID
UniGene ID	UniGene ID
Species	生物種
Chr. No.	染色体番号
Strand	鎖
Matched genome	遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition
Matched genome (GI)	遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID
Matched genome (RefSeq)	遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID
Gene name	遺伝子名
Left	遺伝子座のゲノム上の位置（左）
Right	遺伝子座のゲノム上の位置（右）
GO	Gene Ontology
Variants	スプライシングバリアントの数
Splicing type	スプライシングタイプ (例：cassette)

このデータベースについて