第二部は遺伝子改変された植物および微生物を用いた小規模フィールド研究の設計についての科学的な原則に関するものである。記述された原則、優良開発原則（GDP）は基本的研究と応用的研究を含む低リスクまたは無視できるリスクの小規模フィールド研究の実施に科学的な指針を与えることを意図したものである。それらは植物および微生物を用いたフィールド研究に関するすべての規制措置を回避したり害することを意図したものではない。このような原則は小規模フィールド研究の設計および実施につき柔軟な国内的アプローチを許容するものである。
ここでは植物および自由生活微生物および植物関連微生物についても述べている。将来の研究は動物のワクチンのほか、他の生物に対してGDPの適用を拡大することである。