INOH

2017/11/30

Web Site: (運用終了) http://inoh.hgc.jp/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/inoh/

専門家が文献から抽出した生体内分子機序に関する知識(パスウェイ)を、様々な機械処理が可能な形式で電子化したデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Signal Transduction Pathway Data
  3. Metabolic Pathway Data
  4. MoleculeRole Ontology
  5. MoleculeRole OntologyのLinkage画像ファイル
  6. Event Ontology
  7. Event OntologyのLinkage画像ファイル
  8. Location Ontology
  9. Location OntologyのLinkage画像ファイル
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「INOH」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 Signal Transduction Pathway Data

データ名 Signal Transduction Pathway Data
データ内容の説明

文献から収集したシグナル伝達パスウェイデータベース。
単純な絵としてのデータではなく、パスウェイ要素にオントロジーをアノテーションしているため、計算機処理が可能である。

データファイル inoh_signal_transduction_pathway.zip (5.7KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Pathway Name シグナル伝達経路の名称
INOH format INOH形式のデータファイルへのリンク
BioPAX level2 format BioPax Level2形式のデータファイルへのリンク
BioPAX level3 format BioPax Level3形式のデータファイルへのリンク
PubMed ID パスウェイ情報元の参考文献へのリンク
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2.3 Metabolic Pathway Data

データ名 Metabolic Pathway Data
データ内容の説明

文献から収集したメタボリックパスウェイデータベース。
単純な絵としてのデータではなく、パスウェイ要素にオントロジーをアノテーションしているため、計算機処理が可能である。

データファイル inoh_metabolic_pathway.zip (1KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Pathway Name 代謝経路の名称
INOH format INOH形式のデータファイルへのリンク
BioPAX level2 format BioPax Level2形式のデータファイルへのリンク
BioPAX level3 format BioPax Level3形式のデータファイルへのリンク
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2.4 MoleculeRole Ontology

データ名 MoleculeRole Ontology
データ内容の説明

タンパク質と化合物のオントロジー。INOHパスウェイデータにおいて、タンパク質ファミリー名、遺伝子名、タンパク質名、化合物名のアノテーションのために使われる。

データファイル inoh_moleculerole_ontology.zip (673KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
inoh_id TermのID
alt_id Termの代替ID
name Termの名称
synonym Termの別名
def Termの定義
xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス
comment Termの注釈情報
linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像
inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧・編集することができる
is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト
relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト
is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。
廃止されたものならば、true。
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2.5 MoleculeRole OntologyのLinkage画像ファイル

データ名 MoleculeRole OntologyのLinkage画像ファイル
データ内容の説明

MoleculeRole OntologyのLinkage画像ファイル。
9,217個のPNGファイルをZIP形式で圧縮している。

データファイル IMR.zip (17.9MB)
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2.6 Event Ontology

データ名 Event Ontology
データ内容の説明

パスウェイのオントロジー。パスウェイ・サブパスウェイ・その他の生命現象を分類して、有向非巡回グラフ構造を構築するためのもの。

データファイル inoh_event_ontology.zip (188KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
inoh_id TermのID
alt_id Termの代替ID
name Termの名称
synonym Termの別名
def Termの定義
xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス
comment Termの注釈情報
linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像
inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧・編集することができる
is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト
relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト
is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。
廃止されたものならば、true。
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2.7 Event OntologyのLinkage画像ファイル

データ名 Event OntologyのLinkage画像ファイル
データ内容の説明

Event OntologyのLinkage画像ファイル。
3,829個のPNGファイルをZIP形式で圧縮している。

データファイル IEV.zip (15.6MB)
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2.8 Location Ontology

データ名 Location Ontology
データ内容の説明

細胞内局在のオントロジー

データファイル inoh_location_ontology.zip (5.3KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
inoh_id TermのID
alt_id Termの代替ID
name Termの名称
synonym Termの別名
def Termの定義
xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス
comment Termの注釈情報
linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像
inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧することができる
is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト
relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト
is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。
廃止されたものならば、true。
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2.9 Location OntologyのLinkage画像ファイル

データ名 Location OntologyのLinkage画像ファイル
データ内容の説明

Location OntologyのLinkage画像ファイル。
53個のPNGファイルをZIP形式で圧縮している。

データファイル ILC.zip (119KB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/11/17

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”INOH c the INOH database project (INDP) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

E-mail: support[at]biosciencedbc[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2017/11/30 アーカイブ V3 をリリース
以下の2つのデータを更新。
2016/02/03 データベースの説明ページにてオリジナルサイト公開終了を案内
2014/04/04 アーカイブ V2 をリリース
データベースの説明ページにおいて、オリジナルサイト、データの一括ダウンロードサイト、WebサービスURL、連絡先、作成者の所属およびデータベース運用場所の情報を更新。
MoleculeRole OntologyEvent OntologyLocation Ontologyのデータファイルにおいて、 項目「inoh_client」のURLを更新。
2012/05/10 データベースの説明ページの文献情報に、2011年のDatabase誌に掲載された論文を追加
2012/03/23 ダウンロードページにてキュレーションツール「INOH client」を公開開始
2011/11/17 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006/02/01 INOH (http://www.inoh.org/)で公開開始
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5. 参考文献

Yamamoto S, Sakai N, Nakamura H, Fukagawa H, Fukuda K, Takagi T.
INOH: ontology-based highly structured database of signal transduction pathways.
Database (Oxford). 2011 Nov 26;2011:bar052. Print 2011.
PMID: 22120663

Fukuda K.
INOH pathway database: Curation, Annotation, Integration.
InterOntology08, 1(1), pp.47-50 (2008).

Fukuda, K., Yamamoto, S., Sakai, N., Nakanishi, Y., Nakamura, H., Takagi, T.
Graphical Syntax and Query for Pathway Database
The 10th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Infrmatics, pp7-10 (2006).

Kushida T, Takagi T, Fukuda K.
Event ontology: a pathway-centric ontology for biological processes.
Pac Symp Biocomput. 2006:152-63.
PMID: 17094236

Kushida, T., Yamamoto, S., Yamagata, Y., Asanuma, T., Hattori, E., Takagi, T. and Fukuda, K.
Research on biological pathways peculiar to woody perennial Plants using a pathway database : P-INOH.
Proceedings of International Workshop on Knowledge Discovery and Data Management in Biomedical Science. 2005.5, pp.56-67

Fukuda, K.
Higher Order Knowledge Proceeding : Pathway Database and Ontologies.
Genomics & Informatics, vol.3, No.2, ISSN 1598-866X, 2005.6, pp.47-51

Yamamoto S, Asanuma T, Takagi T, Fukuda K.
The Molecule Role Ontology: An Ontology for Annotation of Signal Transduction Pathway Molecules in the Scientific Literature.
Comp Funct Genomics. 2004;5(6-7):528-36.
PMID: 18629146

Ken-ichiro Fukuda, Toshihisa Takagi.
A Pathway Editor for Literature-based Knowledge Curation.
APBC 2004, pp.339-344.

Ken-ichiro Fukuda, Yuki Yamagata, Toshihisa Takagi.
Pathway Database: Higher Order Knowledge in Biology.
Information Processing Society of Japan (IPSJ), Transactions on Databases, vol.45 No.SIG7(TOD 22) June 2004, pp.77-84

Fukuda K, Yamagata Y, Takagi T.
FREX: a query interface for biological processes with hierarchical and recursive structures.
In Silico Biol. 2004;4(1):63-79. Epub 2004 Feb 22.
PMID: 15089754

Fukuda K, Takagi T.
Knowledge representation of signal transduction pathways.
Bioinformatics. 2001 Sep;17(9):829-37.
PMID: 11590099

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6. 連絡先

「INOH」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

E-mail: support[at]biosciencedbc[dot]jp


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