Fluorome

2011/12/2

WebSite: http://www.photosynthesis.jp/fluorome/index.php
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/fluorome

原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Cyanobacteria ORF情報とクロロフィル蛍光時系列データ
  3. Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列データ
  4. クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル
  5. Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Fluorome」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 Cyanobacteria ORF情報とクロロフィル蛍光時系列データ

データ名 Cyanobacteria変異体のORFのクロロフィル蛍光時系列データ
データ内容の説明 Cyanobacteria ORF情報（ORF name、Gene name、Location of mutation、Product description）と蛍光時系列グラフ画像ファイル名。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル fluorome.zip (21KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
ID 〇 データのID
BOX ORFの管理ID
ORF ORFのID
Gene name 遺伝子名
Location of mutation 変異位置
Product description 遺伝子産物
Fluorescence kinetics (Low light) クロロフィル蛍光時系列データ（弱光）のグラフ画像ファイル名
Fluorescence kinetics (High light) クロロフィル蛍光時系列データ（強光）のグラフ画像ファイル名
Similar ORF list ORFリストへのリンク情報

2.3 Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列データ

データ名 クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル
データ内容の説明 変異体の細胞を弱光条件から強光条件に移した直後の蛍光強度変化を時系列データとして取得した。 対照として、野生型の細胞からも同時に蛍光の時系列データを取得した。 培養時の明るさを２種類設定（200、及び 20 micro-mol photons /m2 s）してそれぞれデータを取得した。
各データはタブ区切りテキストファイルで全データをZIP形式で圧縮。 ファイル名はBOX名と弱光（L）、強光（H）と拡張子（.txt)。
(例：01_C_10_H.txt、01_C_10_L.txt）
データファイル fluorome_data.zip (49MB)

2.4 クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル

データ名 クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル
データ内容の説明 変異体、野生型のクロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル。 弱光条件、強光条件のグラフ画像ファイル（PNG形式）、計1,493ファイルをZIP形式で圧縮。
データファイル fluorome_graph.zip (35MB)

2.5 Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離

データ名 Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離
データ内容の説明 異なる変異体のクロロフィル蛍光時系列データの類似度を2種類の方法で定量化した類似距離。
変異体と野生型の135点の蛍光時系列データを、135次元空間の表現型ベクトルと見なし、2つの変異体の表現型ベクトルがなす角度を類似距離として定義したtype 1、および、2つの変異体の蛍光時系列データの連続する２点間の差分値（傾き）の偏差二乗和を類似距離として定義したtype 2の2種類の方法で計算した。培養のばらつきによる誤差を最小にするため、変異体のデータは、その変異体と同じプレートにおいて培養された野生株のデータによってノーマライズしたのちにそれぞれの計算を行なっている。type1においては、変異体の蛍光強度を野性株の蛍光強度で割った値の対数をノーマライズデータとし、type2においては、変異体の傾きから野生型の傾きを引き算したものをノーマライズデータとした。
上述以外の詳細はOzaki & Sonoike (2009) Photosyn. Res. 101, 47-58を参照。
CSV形式のテキストファイル。
データファイル fluorome_sim.zip (30MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 主キー 外部キー 項目の説明
id ○ データのID
Vector similarity distance (low) 弱光条件で培養した細胞での類似度距離（データをベクトルで表したときのベクトルがなす角度）
Differential similarity distance (low) 弱光条件で培養した細胞での類似度距離（データの各点の傾きの偏差二乗和）
Fluorescence kinetics of ORF1 (low) ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名
Fluorescence kinetics of ORF2 (low) ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名
Vector similarity distance (high) 強光条件で培養した細胞での類似度距離（データをベクトルで表したときのベクトルがなす角度）
Differential similarity distance (high) 強光条件で培養した細胞での類似度距離（データの各点の傾きの偏差二乗和）
Fluorescence kinetics of ORF1 (high) ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名
Fluorescence kinetics of ORF2(high) ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名
BOX1 ORF1の管理ID
ORF1 Location of mutation ORF1の変異位置
ORF1 ORF1のID
ORF1 Gene name ORF1の遺伝子名
ORF1 Product description ORF1の遺伝子産物
BOX2 ORF2の管理ID
ORF2 Location of mutation ORF2の変異位置
ORF2 ORF2のID
ORF2 Gene name ORF2の遺伝子名
ORF2 Product description ORF2の遺伝子産物
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/12/02

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Fluorome © 園池 公毅 (早稲田大学) licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先：

〒162-8480 東京都新宿区若松町2-2 早稲田大学 教育・総合科学学術院
電話：03-5369-7306
E-mail :sonoike[at]waseda[dot]jp

3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2011/12/2 データを更新。（オリジナルサイト ver.2.01相当）
  • データ2件（11_G_06L、13_D_05L）のフォーマットの乱れを修正。
  • クロロフィル蛍光時系列データとして弱光条件277件、強光条件269件を追加（追加リスト）。
  • 変異体間の類似度距離の計算方法を変更。
利用許諾を更新。
2010/2/15 利用許諾のクレジットの記載方法を変更新。
2009/9/25 運用機関名変更に伴うデータベースのメタデータの更新。
2009/7/1 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始。
2007/6/23 オリジナルサイト(http://sunlight.k.u-tokyo.ac.jp/fluorome/) で公開開始。
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5. 参考文献

Ozaki H, Ikeuchi M, Ogawa T, Fukuzawa H, Sonoike K.
Large-scale analysis of chlorophyll fluorescence kinetics in Synechocystis sp. PCC 6803: identification of the factors involved in the modulation of photosystem stoichiometry.
PMID: 17284470

Ozaki H, Sonoike K.
Quantitative analysis of the relationship between induction kinetics of chlorophyll fluorescence and function of genes in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.
PMID: 19568952

6.連絡先

「Fluorome」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

データベース作成者連絡先：
〒162-8480 東京都新宿区若松町2-2 早稲田大学 教育・総合科学学術院
電話：03-5369-7306
E-mail :sonoike[at]waseda[dot]jp

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