Mouse Basement Membrane Bodymap

2018/04/17

Web Site: http://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/matrixome/bm/home.html
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/matrixome/

発生中のマウス胚における基底膜タンパク質の局在性を示す画像のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Protein List
  3. AntiBody
  4. Bodymap
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Mouse Basement Membrane Bodymap」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 Protein List

データ名 Protein List
データ内容の説明

本データベース中の画像で確認することのできる基底膜タンパク質の一覧です。
データファイル matrixome_protein.zip (2.1 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Protein Category タンパク質カテゴリ
Protein Name タンパク質名
Mouse Genomic Loci マウスゲノム上におけるタンパク質の遺伝子座
Human Genomic Loci ヒトゲノム上におけるタンパク質の遺伝子座
Genbank Accession # mRNAのコーディング領域のGenbankアクセション番号
MGI 遺伝子のMGI ID
Mouse Embryo マウス胚の日齢（簡易検索では胚画像ページへリンク）
Antibody 対象タンパク質の染色に利用した抗体
Validation バリデーション結果(mediumまたはhigh)
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2.3 AntiBody

データ名 AntiBody
データ内容の説明

基底膜タンパク質の染色に利用した抗体の一覧です。
データファイル matrixome_antibody.zip (1.3 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Protein Name タンパク質名
Antibody Name 抗体名
Producer / Vender 製造元／販売元
Catalog # カタログ番号
Immunization Species 免疫動物
Clonality 抗体生成方法(monoclonalまたはpolyclonal)
Fixative 固定剤
Hyaluronidase / Chondroitinase Treatment ヒアルロニダーゼ/コンドロイチナーゼ処理の有無
Acid Treatment 酸処理の有無
Validation Score バリデーション結果(mediumまたはhigh)
Validation バリデーション結果詳細
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2.4 Bodymap

データ名 Bodymap
データ内容の説明

マウス胚のギガピクセル単位の高解像度バーチャルスライド。

簡易検索は、タンパク質名で検索するものと、組織名で検索するものの２つあります。

タンパク質名で検索：http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/matrixome_bodymap_protein_based

組織名で検索：http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/matrixome_bodymap_tissue_based

バーチャルスライドの元画像を個別に閲覧・ダウンロードする場合は、以下のページをご覧ください。
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/matrixome_bodymap_imagelist#ja
データファイル images (278.6 GB)
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3. 本データベースの利用許諾

本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2018/04/17

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Mouse Basement Membrane Bodymap c 関口 清俊(大阪大学) licensed under CC表示-継承4.0 国際”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承4.0　国際の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの翻案物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは翻案物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された翻案物は、CC表示-継承4.0（もしくは、それ以降のバージョン）、またはCC表示-継承互換ライセンス（リストはこちら）の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

データベース作成者連絡先：
E-mail: matrixome[at]protein[dot]osaka-u[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2018/04/17 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2008/08/18 Mouse Basement Membrane Bodymap (http://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/matrixome/bm/home.html)で公開開始
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5. 参考文献

Manabe R, Tsutsui K, Yamada T, Kimura M, Nakano I, Shimono C, Sanzen N, Furutani Y, Fukuda T, Oguri Y, Shimamoto K, Kiyozumi D, Sato Y, Sado Y, Senoo H, Yamashina S, Fukuda S, Kawai J, Sugiura N, Kimata K, Hayashizaki Y, Sekiguchi K.
Transcriptome-based systematic identification of extracellular matrix proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Sep 2;105(35):12849-54. doi: 10.1073/pnas.0803640105. Epub 2008 Aug 29.
PMID: 18757743

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6. 連絡先

「Mouse Basement Membrane Bodymap」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

matrixome[at]protein[dot]osaka-u[dot]ac[dot]jp

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