jPOSTリポジトリ

2021/01/28

Web Site: https://repository.jpostdb.org/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/jpost/

質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリ

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. メタデータ
  3. ファイルリスト
  4. フラクショネーションリスト
  5. 酵素/修飾酵素反応リスト
  6. 質量分析モードリスト
  7. プロファイルリスト
  8. サンプルリスト
  9. データディレクトリ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「jPOSTリポジトリ」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 メタデータ

データ名 メタデータ
データ内容の説明

jPOSTリポジトリメタデータの本体です
データファイル jpost_metadata.zip (80 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
jPOST ID プロジェクトのID
PXID ProtemoeXchange (PX)のID
Project title プロジェクト名
Keywords キーワード
Description 説明
Mode データ分析モード("Complete"または"Partial")
PubMed ID(s) 論文を発表した場合は、そのPubMed ID
PubMed Info 論文を発表した場合は、その書誌情報
Principal investigator プロジェクトの代表研究者
Created date データの登録日
Announcement date データの公開日
Note 注釈
Contact 連絡先
Revision リビジョン
Files 登録したファイルの一覧（簡易検索のみ）
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2.3 ファイルリスト

データ名 ファイルリスト
データ内容の説明

jPOSTリポジトリに登録されたファイルのリストです
データファイル jpost_file_list.zip (414 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
jPOST ID プロジェクトのID
File ID ファイルのID
File Name ファイル名
Download ダウンロードリンク（簡易検索のみ）
FIle size ファイルサイズ
Profiles ファイルに含まれるプロファイルの一覧（簡易検索のみ）
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2.4 フラクショネーションリスト

データ名 フラクショネーションリスト
データ内容の説明

タンパク質分画のリストです 「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_fractionation_list.zip (13 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 分画のID
Title 分画の名前
Subcellular 細胞下の部位
Protein 分画したタンパク質名
Peptide 分画したペプチド名
Note コメント
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2.5 酵素/修飾酵素反応リスト

データ名 酵素/修飾酵素反応リスト
データ内容の説明

酵素/修飾酵素反応のリストです 「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_enzyme_mod_list.zip (7.7 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 酵素/修飾酵素反応のID
Title 酵素/修飾酵素反応の名前
Enzyme 酵素名
Fixed modification 調製されたタンパク質修飾
Variable modification Fixed modification以外のタンパク質修飾
Taxonomy 生物種
Note コメント
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2.6 質量分析モードリスト

データ名 質量分析モードリスト
データ内容の説明

質量分析モードのリストです 「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_ms_mode_list.zip (6.7 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID 質量分析モードのID
Title 質量分析モードの名前
Instrument 質量分析器の名前
Instrument mode 分析モード
Purpose 分析の目的
Quantification platform 定量化の手法
Plex プレックス数
Label 質量分析モードのラベル
Note コメント
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2.7 プロファイルリスト

データ名 プロファイルリスト
データ内容の説明

サンプルや酵素などの実験プロファイルのリストです 「メタデータ」から参照されます
データファイル jpost_profile_list.zip (236 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
jPOST ID プロジェクトのID
File ID ファイルのID
Profile plex プロファイル名
Sample - ID サンプルのID
Sample - Title サンプルの名前
Fractionation - ID 分画のID
Fractionation - Title 分画の名前
Enzyme/Mod. - ID 酵素/修飾酵素反応のID
Enzyme/Mod. - Title 酵素/修飾酵素反応の名前
MS mode - ID 質量分析モードのID
MS mode - Title 質量分析モードの名前
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2.8 サンプルリスト

データ名 サンプルリスト
データ内容の説明

実験サンプルのリストです 「プロファイルリスト」から参照されます
データファイル jpost_sample_list.zip (21 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
ID サンプルのID
Title サンプルの名前
Species 生物種
Tissue 組織
Cell type 細胞のタイプ
Disease 疾患
Note コメント
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2.9 データディレクトリ

データ名 データディレクトリ
データ内容の説明

jPOSTに登録され公開された質量分析の生データ、ピークリスト、解析データおよびそのメタデータ等です。
データファイル jpostrepos (11 TB)
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2021/01/28

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースは、CC0 パブリックドメインで提供されます。

データベース作成者連絡先：
E-mail: jpostdb[at]gmail[dot]com

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2021/01/28 「利用許諾」を更新。
2019/12/26 jPOSTのオリジナルデータをアーカイブしたことに伴い、名称を「jPOSTリポジトリ」に変更。
以下の7つのデータを更新。 「オリジナルメタデータ」を「データディレクトリ」に変更。
（「データディレクトリ」にはメタデータだけでなく、質量分析の生データ、ピークリスト、解析データ等も含まれます。）
2018/02/28 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2016/05/02 jPOST(https://repository.jpostdb.org/)で公開開始
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5. 参考文献

Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Yasushi Ishihama
jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes
Nucleic Acids Research, Volume 45, Issue D1, 4 January 2017, Pages D1107–D1111
PMID: 27899654

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6. 連絡先

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