システム利用のフローチャート

 

■ 1.マイクロアレイ実験希望e-mailをマイクロアレイセンターに出す (利用申し込み)
マイクロアレイ実験の希望をe-mailでマイクロアレイセンター(以下の4人全て)に連絡してください。
送信先アドレスはrmos@nias.affrc.go.jpです。
e-mailには、次の5項目を必ず明記して下さい。
  • 課題番号(課題番号を持っていない方は記入しなくて結構です)
  • ハイブリ希望時期
  • サンプル数(1色法の場合12RNAまで、2色法の場合6ペアま で)
  • あなたの電子メールアドレス
  • 研究の目的のアブストラクト(日本語ならば1000〜1500文字程度、英語ならば 2000〜3000文字程度)
(※農水省マイクロアレイプロジェクトの参画者・元参画者は、課題番号を明記して下さい。)

はじめに実験を申し込んだ日から1年の間に申し込みが出来るRNA数には上限があり、 1色法の場合は12RNA、2色法の場合は6ペアまでです。
1回の"申込み"の中で、必ず反復実験を組むように考慮してください
(例:1色法で6種類のサンプルをそれぞれ2回ずつ実験する。例2:2色法でバイオ ロジカルに同一な組み合わせの実験を2回行う)。

利用申込みのe-mailは、実験希望時期の1ヶ月前までに必ず送信して下さる様にお願い致します。
(実験時期は、ご希望通りにならない場合もございますが御了承ください。)

<実験に必要なサンプルグラム数とサンプル液量>
トータルRNAの場合ガラス1枚あたり20ug必要です。現在のイネアレイは2枚で1セットなので40ug必要になります。1本のチューブに40ugを入れて360ulエタ沈状態にしてください。
ポリ(A)RNAの場合、ガラス1枚あたり1ug必要です。現在のイネアレイは2枚で1セットなので2ug必要になります。1本のチューブに2ug入れて360ulエタ沈状態にしてください。
上記のRNA量に対し360ulのエタ沈量が多すぎるとお考えの方は、適当量で、「どのサンプルも同じ液量にして」送付してください。
「マイクロアレイシステム利用フォーム」の「Sample volume (ul)」と「Sample weight(ug)」の欄にはトータルRNAの場合それぞれ 360、40と入力してください。ポリ(A)RNAの場合それぞれ 360、2と入力してください。360ulのエタ沈量ではなく、適当量で、「どのサンプルも同じ液量にして」送付される方はその液量を入力してください。

■ 2.マイクロアレイセンターからの返信メールを受け取ったら
「実験申込み受理」の返信メールを受信されましたら、以下の6項目(a〜f)すべてを下記送付先にお送りください。

a. クオリティチェック済みのRNA(チェック方法は後述)
b. total RNAを電気泳動でチェックした写真が張り付けられ、更に、写真内のRNAについて説明が記述されている書類(A4一枚)
c. RT-PCR(もしくはreal-time PCRなどの定量的PCR)を行い、その結果の写真を示した書類(A4一枚;本書類の作製はb.に準ずる)
d. データ返送用CD(650MBx3枚)
e. データベース利用誓約書
f. 農業生物資源研究所共同研究契約書(共同研究者の方々のみ)
 
※b、cのRNA QCに関する書式はパスワード取得後、マイクロアレイシステム利用フォーム内からダウンロードしてください。
e、fに関しましては、「得られたマイクロアレイデータの公開方法とその利用方法について」を良くご理解、御了承の上、書類作成し 送付してください。

これら(a〜f)すべての送付と同時に、RMOSの「マイクロアレイシステム利用フォーム」のページで必要事項を入力して、
そのフォームを"ONLINE"で送信してください。
「マイクロアレイシステム利用フォーム」のページへのパスワードは、返信メールに記載されています。
RNA送付はクール宅配便<冷凍>、午前中必着(土日を除く)を指定してください。
上記a,b,c,d,e,fの送付先は、次の通りです。

送付先:
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2 
国立研究開発法人 農業生物資源研究所分子遺伝部遺伝子発現研究チーム 菊池尚志(マイクロアレイセンター)宛 
※クール宅配便(冷凍)午前必着で送付してください

■ 3.マイクロアレイセンターからの解析予定時期が通知される
2におけるa〜e(f)を受け取った後、ハイブリダイゼーションスケジュールを作成致します。
その後、各申込み者に解析実施の日程を連絡致します。

■ 4. マイクロアレイセンターからCDでデータが返送される
マイクロアレイ実験の後、FLA8000(Fujifilm)によるスキャニング、アレイゲージ(Fujifilm)による定量化を行ったデータを、全てCDにコピーして返送致します。