Yeast Interacting Proteins Database

2010/02/15

WebSite: Yeast Interacting Proteins Database
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/yeast_y2h

出芽酵母タンパク質に対する網羅的酵母２ハイブリッド解析によって得られた相互作用およびそれに関する付随する情報。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

DBCLSが加工したダウンロードファイル

以下は、オリジナルサイトのダウンロードファイルを DBCLSがCSV形式のファイルに加工したものです。
  1. README
  2. Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(アノテーション更新版）
  3. Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(アノテーション更新版）
  4. Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(オリジナル版）
  5. Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(オリジナル版）
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Yeast Interacting Proteins Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(アノテーション更新版）

データ名 Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(アノテーション更新版）
データ内容の説明 Yeast Interacting Proteins Databaseにおいて、「IST hit」(下表で説明）が3以上の再現性の高い相互作用のデータ。 アノテーション（gene nameとdescription）をSGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/、2009/8/15）によって更新している。 データ件数は841件。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル core_updated.zip (77KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Bait ORF BaitのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/）におけるSystematic Name
Bait gene name Baitの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name
Bait description Baitのアノテーション、SGDにおけるDescription
Rows with this bait as bait このBait ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Rows with this bait as prey このBait ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Prey ORF PreyのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org）におけるSystematic Name
Prey gene name Preyの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name
Prey description Preyのアノテーション、SGDにおけるDescription
Rows with this prey as prey このPrey ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Rows with this prey as bait このPrey ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Literature on bait（YPD） Baitに関する文献数、YPD(Yeast Proteome Database)(*1)から取得
Literature on prey（YPD） Preyに関する文献数、YPDから取得
Literature shared by bait and prey Bait,Preyに関して共通する文献数、YPDから取得した文献数に基づき計算
Literature sharing score PreyとBaitで、文献中の共起に関するスコアを計算式に基づき計算
スコアの計算式:
Literature sharing score
CuraGen（0 or 1） CuraGenによる調査（0または1)、Uetz et al.(*2)から取得
S. Fields（0 or 1） S.Fieldsによる調査（0または1)、Uetz et al.から取得
Association(0 or 1,YPD) 会合（0または1)、YPDから取得
Complex (0 or 1,YPD) 複合体形成（0または1)、YPDから取得
Synthetic lethality（0 or 1,YPD） 合成致死性（0または1)、YPDから取得
Co-induced by（YPD） 両遺伝子の発現を誘導する因子、YPDから取得
Co-repressed by（YPD） 両遺伝子の発現を抑制する因子、YPDから取得
Not affected by（YPD） これらの遺伝子の発現に影響のない因子、YPDから取得
Interologs 相互作用するタンパク質の対他生物種のオーソログ間に存在するインタラクションの数、Database of Interacting Proteins(*3)から取得
Expression similarity (BRITE) KEGG BRITE(*4)からの取得した発現データ。（値が0.9以上の高いもののみ）
Alternative path with 1 intervening protein 一つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算
Alternative path with 2 intervening proteins 二つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算
IST hit Interaction Sequence Tags（IST）のヒット数（相互作用の検出数、再現性の指標）
IST hit in the opposite bait/prey orientation BaitとPreyが反転した組み合わせのIST hitの数


*1 The yeast proteome database (YPD) and Caenorhabditis elegans proteome database (WormPD): comprehensive resources for the organization and comparison of model organism protein information.,
Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6.
*2 A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae.,
Uetz P, Giot L, Cagney G, Mansfield TA, Judson RS, Knight JR, Lockshon D, Narayan V, Srinivasan M, Pochart P, Qureshi-Emili A, Li Y, Godwin B, Conover D, Kalbfleisch T, Vijayadamodar G, Yang M, Johnston M, Fields S, Rothberg JM., Nature. 2000 Feb 10;403(6770):623-7.
*3 DIP: the database of interacting proteins.,
Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):289-91.
*4 KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes.,
Kanehisa M, Goto S., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):27-30.

2.3 Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(アノテーション更新版）

データ名 Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(アノテーション更新版）
データ内容の説明 Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。アノテーション（gene nameとdescription）をSGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/、2009/8/15）によって更新している。 データ件数は4,549件。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル full_updated.zip (372KB)
データファイルの各列のデータは2.2 Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(アノテーション更新版）と同様です。

2.4 Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(オリジナル版）

データ名 Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(オリジナル版）
データ内容の説明 Yeast Interacting Proteins Databaseにおいて、「IST hit」(下表で説明）が3以上の再現性の高い相互作用のデータ。 遺伝子情報（gene name, description)は論文(*5)発表時のデータ。 データ件数は841件。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル core_original.zip (37KB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Bait ORF BaitのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/）におけるSystematic Name
Bait gene name Baitの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name
Bait description Baitのアノテーション、SGDにおけるDescription
Rows with this bait as bait このBait ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Rows with this bait as prey このBait ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Prey ORF PreyのORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org）におけるSystematic Name
Prey gene name Preyの遺伝子名、SGDにおけるStandard Name
Prey description Preyのアノテーション、SGDにおけるDescription
Rows with this prey as prey このPrey ORFをPrey ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Rows with this prey as bait このPrey ORFをBait ORFとして持つ行（相互作用）の数、検索結果へのリンク（TogoDBのみ）
Literature on bait（YPD） Baitに関する文献数、YPD(Yeast Proteome Database)(*6)から取得
Literature on prey（YPD） Preyに関する文献数、YPDから取得
Literature shared by bait and prey Bait,Preyに関して共通する文献数、YPDから取得した文献数に基づき計算
Literature sharing score PreyとBaitで、文献中の共起に関するスコアを計算式に基づき計算
スコアの計算式:
Literature sharing score
CuraGen（0 or 1） CuraGenによる調査（0または1)、Uetz et al.(*7)から取得
S. Fields（0 or 1） S.Fieldsによる調査（0または1)、Uetz et al.から取得
Association(0 or 1,YPD) 会合（0または1)、YPDから取得
Complex (0 or 1,YPD) 複合体形成（0または1)、YPDから取得
Synthetic lethality（0 or 1,YPD） 合成致死性（0または1)、YPDから取得
Co-induced by（YPD） 両遺伝子の発現を誘導する因子、YPDから取得
Co-repressed by（YPD） 両遺伝子の発現を抑制する因子、YPDから取得
Not affected by（YPD） これらの遺伝子の発現に影響のない因子、YPDから取得
Interologs 相互作用するタンパク質の対他生物種のオーソログ間に存在するインタラクションの数、Database of Interacting Proteins(*8)から取得
Expression similarity (BRITE) KEGG BRITE(*9)からの取得した発現データ。（値が0.9以上の高いもののみ）
Alternative path with 1 intervening protein 一つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算
Alternative path with 2 intervening proteins 二つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算
IST hit Interaction Sequence Tags（IST）のヒット数（相互作用の検出数、再現性の指標）
IST hit in the opposite bait/prey orientation BaitとPreyが反転した組み合わせのIST hitの数


*5 A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome.,
Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6.
*6 The yeast proteome database (YPD) and Caenorhabditis elegans proteome database (WormPD): comprehensive resources for the organization and comparison of model organism protein information.,
Costanzo MC, Hogan JD, Cusick ME, Davis BP, Fancher AM, Hodges PE, Kondu P, Lengieza C, Lew-Smith JE, Lingner C, Roberg-Perez KJ, Tillberg M, Brooks JE, Garrels JI., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):73-6.
*7 A comprehensive analysis of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae.,
Uetz P, Giot L, Cagney G, Mansfield TA, Judson RS, Knight JR, Lockshon D, Narayan V, Srinivasan M, Pochart P, Qureshi-Emili A, Li Y, Godwin B, Conover D, Kalbfleisch T, Vijayadamodar G, Yang M, Johnston M, Fields S, Rothberg JM., Nature. 2000 Feb 10;403(6770):623-7.
*8 DIP: the database of interacting proteins.,
Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):289-91.
*9 KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes.,
Kanehisa M, Goto S., Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):27-30.

2.5 Yeast Interacting Proteins DatabaseのFullデータ(オリジナル版）

データ名 Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。 遺伝子情報（gene name, description)は論文(*1)発表時のデータ。 データ件数は841件。 CSV形式のテキストファイル。
データ内容の説明 Yeast Interacting Proteins Databaseにおける全データ。アノテーション（gene nameとdescription）をSGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/、2009/8/15）によって更新している。 データ件数は4,549件。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル full_original.zip (180KB)
データファイルの各列のデータは2.4 Yeast Interacting Proteins DatabaseのCoreデータ(オリジナル版）と同様です。
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3. 本データベースの利用許諾

標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本　の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”Yeast Interacting Proteins Database, Copyright© 2008-2009 伊藤隆司（東京大学）　licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒277-8561 千葉県柏市柏の葉５－１－５
東京大学基盤棟CB-０６
TEL 04-7136-3989
FAX 04-7136-3979
E-mail : ito[at]bi[dot]s[dot].u-tokyo[dot]ac[dot]jp


3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/02/15 利用許諾のクレジットの記載方法を変更
2009/9/14 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2000/12/4 Yeast Interacting Proteins Database(http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/Y2H/)で公開開始
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5. 参考文献

Toward a protein-protein interaction map of the budding yeast: A comprehensive system to examine two-hybrid interactions in all possible combinations between the yeast proteins.
Ito T, Tashiro K, Muta S, Ozawa R, Chiba T, Nishizawa M, Yamamoto K, Kuhara S, Sakaki Y.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2000 Feb 1;97(3):1143-7.
PMID: 10655498

A comprehensive two-hybrid analysis to explore the yeast protein interactome.
Ito T, Chiba T, Ozawa R, Yoshida M, Hattori M, Sakaki Y.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Apr 10;98(8):4569-74. Epub 2001 Mar 13.
PMID: 11283351

6.連絡先

「Yeast Interacting Proteins Database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

データベース作成者連絡先：
〒277-8561 千葉県柏市柏の葉５－１－５
東京大学基盤棟CB-０６
TEL 04-7136-3989
FAX 04-7136-3979
E-mail : ito[at]bi[dot]s[dot].u-tokyo[dot]ac[dot]jp

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