Budding yeast cDNA sequencing project

2010/02/15

WebSite: Budding yeast cDNA sequencing project
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/yeast_cdna

Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

DBCLSが加工したダウンロードファイル

以下は、オリジナルサイトのダウンロードファイルを DBCLSがCSV形式のファイルに加工したものです。
  1. README
  2. 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値
  3. 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端塩基配列
  4. クオリティデータ
  5. ベクター配列
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Budding yeast cDNA sequencing project」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値

データ名 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端配列の塩基配列、及びクオリティ値
データ内容の説明 Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、 及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値、及びSGD、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク。 SGDへのリンクは、ゲノムマッピングされたcDNAのみにある。 dbEST、UCSC Genome Browserへのリンクは、その内、5'端が完全なcDNAのみにある。 SGDへのリンク数は、51,027、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク数は、31,847、cDNA総数は83,707。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル yeast_seq_qual.zip (59.9MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Clone ID クローンID、SGDにおけるName
Link to SGD ゲノムマッピングされたcDNAのクローンIDを元にした、SGD（Saccharomyces Genome Database, http://www.yeastgenome.org/）へリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、Clone IDのみ。
Link to dbEST 5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元にしたNCBIのdbESTへリンク。TogoDB版のみ。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。
Link to UCSC Genome Browser 5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元に、UCSC Genome Browserへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。
Sequence 出芽酵母の完全長cDNAクローンの5'末端配列データ。FASTA形式
Quality Phredのクオリティ値

2.3 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端塩基配列

データ名 出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端塩基配列
データ内容の説明 出芽酵母のcDNA配列データ。FASTA形式の配列データ、各cDNAにつき１ファイルで、ZIP形式で1つのファイルに圧縮。83706件。
データファイル Sequence.tar.gz (21MB)

2.4 cDNA配列のクオリティデータ

データ名 cDNA配列のクオリティデータ
データ内容の説明 Phredのクオリティ値。PHD形式で、cDNAデータにつき1ファイルで、ZIP形式で1つのファイルに圧縮。83706件。
データファイル Quality.tar.gz (45MB)

2.5 ベクター配列

データ名 ベクター配列
データ内容の説明 シークエンシングに使用したベクター配列。マルチFASTA形式。7件。
データファイル vector_seqeunce.fasta.gz (1KB)
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3. 本データベースの利用許諾

標準利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
追加利用許諾は、標準利用許諾で原則として禁止されている事項の中で例外的に許諾される事項を定めています。

3.1 標準利用許諾

本データベースの標準利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本　の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、”Budding yeast cDNA sequencing project, Copyright© 2009 伊藤隆司（東京大学）　licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、標準利用許諾の下で以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

本データベースにおいて、標準利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。

3.2 追加利用許諾

1.本データベースの全部または一部を利用して作成された二次的著作物を配布する場合には、標準利用許諾とともにこの追加利用許諾を表示しなければなりません。

2. 本データベースを利用して研究を行い、その成果を論文に記載する場合は、論文中に必ず本データベースを引用して、本データベース名称とURLを記載する必要があります。

3. 標準利用許諾及び上記の追加利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

〒277-8561 千葉県柏市柏の葉５－１－５
東京大学基盤棟CB-０６
TEL 04-7136-3989
FAX 04-7136-3979
E-mail : ito[at]bi[dot]s[dot].u-tokyo[dot]ac[dot]jp


3.3 本データベースへのリンクについて

本データベース内の全てのコンテンツに対しては、自由にリンクを貼ることができます。 ただし、コンテンツの内容は予告なく変更される場合があります。

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2010/02/15 利用許諾のクレジットの記載方法を変更
2009/9/14 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006/11/14 Budding yeast cDNA sequencing project(http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GCap/)で公開開始
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5. 参考文献

Miura F, Kawaguchi N, Sese J, Toyoda A, Hattori M, Morishita S, Ito T.
A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Nov 21;103(47):17846-51.
PMID: 17101987

6.連絡先

「Budding yeast cDNA sequencing project」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒277-8561 千葉県柏市柏の葉５－１－５
東京大学基盤棟CB-０６
TEL 04-7136-3989
FAX 04-7136-3979
E-mail : ito[at]bi[dot]s[dot].u-tokyo[dot]ac[dot]jp

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