Webリソースポータルサイト

2023/06/29

Web Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/web-resource-portal/desc.html

バイオインフォマティクス解析に役立つツールやワークフローなどのリソース情報をまとめたデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. カテゴリ
  3. ツール
  4. ワークフロー
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Webリソースポータルサイト」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html (日本語)
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2.2 カテゴリ

データ名 カテゴリ
データ内容の説明

解析ツールやワークフローを、「処理要素別」「(研究)分野別」「文献別」の3種類のカテゴリに分類したもの。(「データタイプ別」は未整備。)
「処理要素別」分類では、「比較する」「分類する」「探索する」「同定/予測する」「ルールを発見する」など、解析ツールの 処理概念をもとに分類している。
「分野別」分類では、ワークフローを「ゲノム解析」「発現制御解析」「進化系統解析」など研究分野別に分類している。
「文献別」分類では、文献から読み取った「シロイヌナズナゲノム解読(遺伝子領域予測)」などのワークフローを文献別に分類している。
データファイルは、カテゴリの構造をXMLファイル形式で表現したものになっている。
データファイル web_resource_portal_category.zip (51.3 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
「node」ノード カテゴリの階層構造における各ノードの情報を表す。
各「node」ノードに含まれる属性値は下記の通り。
  • id 属性: ノードのIDを表す。
  • tool_id 属性: ツールを表すノードであれば、ツールのIDが記載される。
  • workflow_id 属性: ワークフローを表すノードであれば、ワークフローのIDが記載される。
  • value 属性: ノードの値が記載される。
「node」ノードは、自身に別の「node」ノードを含む入れ子構造になっている。
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2.3 ツール

データ名 ツール
データ内容の説明

分子生物学に関わる解析ツールの一覧。各ツールの説明や文献へのリンクなどの情報を提供している。
データファイル web_resource_portal_tool.zip (47.8 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Tool ID ツールのID
Resource Name ツールの名称
Other Names ツールの別称
Description ツールの説明
Categories ツールが属するカテゴリのリスト
Websites ツールの提供元へのリンク
Reference ツールに関する文献のタイトル
PubMed ID 文献のPubMed ID
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2.4 ワークフロー

データ名 ワークフロー
データ内容の説明

Nature誌で発表されたゲノム解読の文献から、解析ツールを使ったゲノム解読のワークフローを表やグラフにまとめたもの。
データファイル web_resource_portal_workflow.zip (16.8 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
Title ワークフローを抽出する元となった文献のタイトル
Author 文献の著者
PubMed ID 文献のPubMed ID
Reference 上記3つの文献に関する項目をまとめたもの。(簡易検索サイトのみ)
Workflow 文献から抽出したワークフロー
Workflow Image ワークフローをグラフ化した画像
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2023/06/29

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Webリソースポータルサイト © 独立行政法人 科学技術振興機構 licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先：
https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc

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4. 更新履歴

更新日更新内容
2019/05/15 「データベースの説明」の項目「オリジナルサイト」、項目「データの一括ダウンロードサイト」を更新。
2012/10/15 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2006 Webリソースポータルサイト(http://tools.biosciencedbc.jp/)で公開開始
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5. 参考文献

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6. 連絡先

「Webリソースポータルサイト」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

https://form2.jst.go.jp/s/contact_nbdc

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