Trypanosomes Database

2014/05/07

Web Site: http://www.tanpaku.org/tdb/
FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/trypanosome/

トリパノソーマ症に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素のデータベース

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. Protein
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「Trypanosomes Database」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html(日本語)
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2.2 Protein

データ名 Protein
データ内容の説明 タンパク質の情報(配列情報、機能情報、関連する代謝系の情報)をまとめた一覧です。タンパク質の候補阻害剤がある場合は、その化学物質の情報も得られます。
データファイル trypanosome.zip (1.4 KB)

データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名項目の説明
symbol タンパク質の略称
name タンパク質の名称
organism タンパク質の由来する生物名
mRNA sequence mRNA配列のGI番号 (簡易検索サイトではNCBI Nucleotideへのリンク)
protein sequence アミノ酸配列のGI番号 (簡易検索サイトではNCBI Proteinへのリンク)
entrez Gene ID (NCBI Gene)
uniprot UniProt Accession Number (UniProt)
wikipedia Wikipediaでの検索語
ec 酵素番号
omim OMIM ID (Online Mendelian Inheritance in Man)
map タンパク質の遺伝子の存在する染色体番号または染色体上の位置
pdb PDB ID (PDBj: Protein Data Bank Japan)
kegg pathway KEGG pathway ID (KEGG pathway database)
candidate inhibitor 候補阻害剤の名称 (簡易検索サイトではDrugPortへのリンク)
drugport id 候補阻害剤のDrugBank ID
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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2014/02/04

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。

Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”Trypanosomes DB © Targeted Proteins Research Program licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項:

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件:

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先:
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/05/07 データベースの特長・有用性・活用方法の記載を修正
2014/02/04 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2011/04/04 Trypanosomes Database (http://www.tanpaku.org/tdb/)で公開開始
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5. 参考文献

-

6. 連絡先

「Trypanosomes Database」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp

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