tRNADB-CE

2014/08/25

WebSite: http://trna.ie.niigata-u.ac.jp/
HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/trnadb_ce

エキスパートが精査を加えた、世界的に最も精度が高いtRNA遺伝子データベースで、シニア世代研究者の専門知識の活用と次世代への知識継承の一つのモデルケースとして、長浜バイオ大学で行っている取り組みの産物です。具体的には、既存の複数のtRNA遺伝子検索プログラムを用いて、塩基配列の解読されたほぼ全ての原核生物ゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、プログラム間で相違のあるケースについては、エキスパートがマニュアルにより精査しています。

README 目次

  1. ダウンロードデータの構成
  2. ダウンロードデータの説明
  3. 本データベースの利用許諾
  4. 更新履歴
  5. 参考文献
  6. 連絡先

1. ダウンロードデータの構成

  1. README
  2. tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ
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2. ダウンロードデータの説明

2.1 README

データ名 README
データ内容 「tRNADB-CE」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。
ダウンロードファイル名 README.html（日本語）
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2.2 tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ

データ名 tRNA配列、アノテーション及びキュレーションのデータ
データ内容の説明 tRNAの探索結果、キュレーションのデータ。tRNA 遺伝子の探査は、3 種の予測プログラム（tRNAScan-SE, Aragorn, tRNAfinder）を併用し、 予測結果が一致しない場合には、エキスパートによる精査を行った。
判定結果には以下の３種の判定が使用される。
- reliable tRNA gene　 (オリジナルサイトでは○）
- ambiguous case　（オリジナルサイトでは△）
- not tRNA gene　（オリジナルサイトでは×）

取得元によってデータのタイプが9種に分類され、それぞれの内訳は以下の通り
- Prokaryotic complete genome: 95,512件
- Prokaryotic draft genome (WGS): 196,032件
- Plant: 1,608件
- Fungus: 2,773件
- Virus: 151件
- Phage: 962件
- Chloroplast: 4,376件
- Environmental sample (ENV) from GenBank: 101,837件
- Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive: 54,872件

データ件数は、合計458,123件。 CSV形式のテキストファイル。
データファイル trnadb_ce.zip (22.7 MB)
データファイルの各列のデータは以下の通りです。
項目名 項目の説明
Data type 取得したデータのタイプ。"Prokaryotic complete genome", "Prokaryotic draft genome (WGS)", "Plant", "Fungus", "Virus", "Phage", "Chloroplast", "Environmental sample (ENV) from GenBank", "Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive"の9種に分類される。
Sequence ID 配列ID
Genome ID ゲノムID (DDBJ GIBのゲノムIDを利用)
Phylum/Class 系統名
Species 生物種名
Start position ゲノム上でのtRNA遺伝子開始位置
End position ゲノム上でのtRNA遺伝子終了位置
Direction ゲノム上でのtRNA遺伝子の向き
Amino Acid アミノ酸タイプ
Anticodon アンチコドン
1st Intron start position 第1イントロンの挿入開始位置
1st Intron end position 第1イントロンの挿入終了位置
Seq tRNA配列
Upstream seq. tRNA遺伝子上流配列(10bp)
tRNA1-7 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造(*1)の１から７のtRNA遺伝子配列
tRNA8-9 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の８から９のtRNA遺伝子配列
tRNA10-13 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の１０から１３のtRNA遺伝子配列
tRNA14-21 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の１４から２１のtRNA遺伝子配列
tRNA22-25 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２２から２５のtRNA遺伝子配列
tRNA26 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２６のtRNA遺伝子配列
tRNA27-31 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の２７から３１のtRNA遺伝子配列
tRNA32-38 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の３２から３８のtRNA遺伝子配列
tRNA39-43 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の３９から４３のtRNA遺伝子配列
tRNA44-48 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の４４から４８のtRNA遺伝子配列
tRNA49-53 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の４９から５３のtRNA遺伝子配列
tRNA54-60 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の５４から６０のtRNA遺伝子配列
tRNA61-65 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の６１から６５のtRNA遺伝子配列
tRNA66-72 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の６６から７２のtRNA遺伝子配列
tRNA73-76 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造の７３から７６のtRNA遺伝子配列
Downstream seq. tRNA遺伝子下流配列(10bp)
1st Intron seq. 第1イントロン配列
2nd Intron start position 第2イントロン挿入開始位置
2nd Intron end position 第2イントロン挿入終了位置
2st Intron seq. 第2イントロン配列
Decision from Dr. Muto 判定結果1 (武藤先生)
Decision from Dr. Inokuchi 判定結果2 (井口先生)
Decision from Dr. Yamada 判定結果3 (山田先生)
Comment of Dr. Muto コメント1 (武藤先生)
Comment of Dr. Inokuchi コメント2 (井口先生)
Comment of Dr. Yamada コメント3 (山田先生)
Final decision 最終判定結果
Comments コメント
Original database ゲノム配列の取得元情報


*1 tRNA遺伝子クローバ葉2次構造上の共通ポジション別に登録。 共通ポジションについては、http://trna.ie.niigata-u.ac.jp/trnadb/tRNA_structure.jpgを参考。)

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3. 本データベースの利用許諾

利用許諾更新日: 2011/08/25

本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。


Creative Commons License

本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”tRNADB-CE © 長浜バイオ大学 licensed under CC表示 継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。

クリエイティブ・コモンズ　表示-継承2.1　日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。

本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：

  1. 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
  3. 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。

 

本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：

  1. 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
  2. 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
  3. 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。

 

データベース作成者連絡先：
Email: trnadbce[at]gmail[dot]com

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4. 更新履歴

更新日 更新内容
2014/08/25 連絡先、データベース運用場所、オリジナルサイトおよびデータの一括ダウンロードサイトの内容を修正。
2012/7/23 - データの更新
オリジナルサイトのVersion 6.1 相当 (2012/7/23更新) のデータに更新。
収載されたtRNA の件数は、172,143 件から458,123 件に増加。
解析した生物種の数は下記の通り。
  • Bacteria: 1578
  • Archaea: 47
  • Prokaryotic draft genome (WGS): 2993
  • Eukaryote (Plant and Fungus): 12
  • Virus: 151
  • Chloroplast: 121
  • Environmental sample (ENV) from GenBank: 134
  • Environmental sample (ENV) from Sequence Read Archive: 87
2011/8/25 利用許諾を更新
2009/9/10 データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始
2008/7/1 オリジナルサイト(http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/cgi-bin/trnadb/index.cgi)で公開開始
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5. 参考文献

Abe T, Ikemura T, Ohara Y, Uehara H, Kinouchi M, Kanaya S, Yamada Y, Muto A, Inokuchi H.
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D163-8.
PMID:18842632

6.連絡先

「tRNADB-CE」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。

Email: trnadbce[at]gmail[dot]com

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