TP Atlas
2013/12/16HTTPS Site: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/tp_atlas/
Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとした「ターゲットタンパク研究成果データベース」
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「TP Atlas」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 Main
| データ名 | Main |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究の各課題の概要やターゲットタンパク質およびその構造などの詳細情報や論文情報をまとめた一覧です。 |
| データファイル | tp_atlas.zip (22.8 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Project ID | 課題ID |
| Project Theme | 課題テーマ |
| Project Theme (short) | 課題テーマ（略称） |
| Principal Investigator | 代表研究者名 |
| Affiliation | 所属機関 |
| Backgrounds | 課題の背景 |
| Highlights | 課題のハイライト |
| Outline | 課題の概要 |
| Review | 論文 (カンマ区切り、データの並び順は下記「PubMed ID」と対応する。) |
| PubMed ID | PubMed ID (カンマ区切り、データの並び順は上記「Review」と対応する。) |
| CSML File | ネットワーク情報（CSMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、ファイル名) |
2.3 Protein
| データ名 | Protein |
| データ内容の説明 | 各課題が扱うターゲットタンパク質の名称、シンボル、生物種、公共データベース（Entrez、UniProt等）へのリンク等の情報をまとめた一覧です。 |
| データファイル | tp_atlas_protein.zip (49.8 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Project ID | 課題ID |
| Sub Group | タンパク質のグループ |
| Symbol | タンパク質の簡易名称 |
| Synonym | タンパク質の簡易名称の別名 |
| Wiki |
Wikipediaでの目的タンパク質の検索語 |
| Full Name | タンパク質の名称 (機能的名称) |
| Other Names | タンパク質の別称 |
| TaxId | 生物名のTaxon identifer (簡易検索サイトではUniProt Taxonomyへのリンク) |
| Organism | タンパク質の生物名 |
| Entrez | NCBI Gene ID (簡易検索サイトではNCBI Geneへのリンク) |
| UniProt | UniProt KBのaccession number |
| GNP |
GNP (Genome Network Platform Viewer)のID (NCBI Gene ID)(簡易検索サイトではGNPへのリンク) |
| Struct. PDB | PDBj (Protein Data Bank Japan)の PDB ID (簡易検索サイトではPDBjへのリンク) |
| Struct. P3K | タンパク質3000構造ギャラリーのID (PDB ID) (簡易検索サイトではタンパク3000構造ギャラリーへリンク) |
| Struct. TPRP |
TPRP (Targeted Proteins Research Program；TP構造ギャラリー) のID (PDB ID) (簡易検索サイトではTP構造ギャラリーにリンク） |
| PPI GNP |
GNPにおけるタンパク質相互作用 (PPI) のID (NCBI Gene ID) (簡易検索サイトではPPIへのリンク) |
| PCI | PCI (タンパク質化合物相互作用データベース)のID (PDB ID) (簡易検索サイトではPCIへのリンク) |
| TP Article | PubMed ID (簡易検索サイトではPubMedへのリンク) |
| Press Release |
TPプレスリリースのID (日付) (簡易検索サイトではTPプレスリリースへのリンク) |
2.4 Network File
| データ名 | Network File |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出したものです。課題1つにつき、1つのCSML形式ファイルがあります。 |
| データファイル | tp_atlas_csml.zip (2.02 MB) |
CSML形式ファイルについて
- CSML(Cell System Markup Language)については、CSMLの Webサイトをご参照ください。
- CSML ファイルは、 Cell Illustrator Online Player でグラフィカルに閲覧することができます。 また Cell Illustrator Online で グラフィカルに編集・シミュレーションすることができます。 これらのソフトウェアについては、 Cell Illustrator Web サイト または、 Cell Illustrator Online Web サイト をご参照ください。
記号について (各課題の Legend より転載)
2.5 Image File
| データ名 | Image File |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図を画像にしたものです。課題1つにつき、1つのPNG形式ファイルがあります。 |
| データファイル | tp_atlas_png.zip (6.93 MB) |
3. 本データベースの利用許諾
本データベースは、以下で定める利用許諾に基づきご利用いただくことができます。 本利用許諾は、本データベース利用における許諾内容、及び利用者が従うべき条件を定めています。
本データベースの利用許諾は、 クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の定める利用許諾です。
本データベースのクレジットは、 ”TP Atlas © Targeted Proteins Research Program licensed under CC表示-継承2.1 日本”ですので、 利用にあたり必ず表示してください。
クリエイティブ・コモンズ 表示-継承2.1 日本の概要は こちらです。 具体的な許諾条項は こちらをご覧ください。
本データベースにおいて、以下の条件に従う限り許諾されている事項：
- 本データベースの全部または一部に自由にアクセスし、データを取得することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを自由に再配布することができます。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用した、データベースなどの二次的著作物を自由に作成し、配布することができます。
本利用許諾に基づいて利用する際に従うべき条件：
- 本データベースの全部または一部、あるいは二次的著作物の配布に際しては、本データベースの作成者のクレジットを表示しなければなりません。
- 本データベースの全部または一部のデータを利用して作成された二次的著作物は、この利用許諾の下で配布されなければなりません。
- 本利用許諾で許諾されていない事項については、以下のデータベース作成者に連絡をとり、利用許諾を求める必要があります。
データベース作成者連絡先：
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp
4. 更新履歴
| 更新日 | 更新内容 |
| 2013/12/16 | 連絡先のメールアドレスを修正 |
| 2013/11/19 |
Image File のメタデータおよびダウンロードファイルを新規追加 Protein および Network File のメタデータを修正 Protein のダウンロードファイルおよび簡易検索サイトのデータを一部修正 |
| 2013/10/18 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
| 2008/4/1 | TP Atlas (http://www.tanpaku.org/tpatlas/) で公開開始 |
5. 参考文献
Iwayanagi T, Miyamoto S, Konno T, Mizutani H, Hirai T, Shigemoto Y, Gojobori T, Sugawara H.TP Atlas: integration and dissemination of advances in Targeted Proteins Research Program (TPRP)-structural biology project phase II in Japan.
J Struct Funct Genomics. 2012 Sep;13(3):145-54.
PMID:22644393
6. 連絡先
「TP Atlas」についてのお問い合わせは、下記連絡先までご連絡ください。
〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
創薬等支援技術基盤プラットフォーム情報拠点 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
E-mail: p4d-info[at]nig[dot]ac[dot]jp