TP Atlas
2013/10/18FTP Site: ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/tp_atlas/
Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとした「ターゲットタンパク研究成果データベース」
README 目次
1. ダウンロードデータの構成
2. ダウンロードデータの説明
2.1 README
| データ名 | README |
| データ内容 | 「TP Atlas」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
| ダウンロードファイル名 | README.html（日本語） |
2.2 Main
| データ名 | Main |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究の各課題の概要やターゲットタンパク質およびその構造などの詳細情報や論文情報をまとめた一覧です。 |
| データファイル | tp_atlas.zip (22.8 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Project ID | 課題ID |
| Project Theme | 課題テーマ |
| Project Theme (short) | 課題テーマ（略称） |
| Principal Investigator | 代表研究者名 |
| Affiliation | 所属機関 |
| Backgrounds | 課題の背景 |
| Highlights | 課題のハイライト |
| Outline | 課題の概要 |
| Review | 論文 (カンマ区切り、データの並び順は下記「PubMed ID」と対応する。) |
| PubMed ID | PubMed ID (カンマ区切り、データの並び順は上記「Review」と対応する。) |
| CSML File | ネットワーク情報（CSMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、ファイル名) |
2.3 Protein
| データ名 | Protein |
| データ内容の説明 | 各課題が扱うターゲットタンパク質の名称、シンボル、生物種、公共データベース（Entrez、UniProt等）へのリンク等の情報をまとめた一覧です。 |
| データファイル | tp_atlas_protein.zip (49.8 KB) |
| 項目名 | 項目の説明 |
|---|---|
| Project ID | 課題ID |
| Sub Group | タンパク質のグループ |
| Symbol | タンパク質の簡易名称 |
| Synonym | タンパク質の簡易名称の別名 |
| Wiki | タンパク質の詳細情報 (Wikipedia) へのリンク |
| Full Name | タンパク質の名称 (機能的名称) |
| Other Names | タンパク質の別称 |
| TaxId | タンパク質の生物名のNCBI Taxonomy ID |
| Organism | タンパク質の生物名 |
| Entrez | NCBI Gene (遺伝子情報) へのリンク |
| UniProt | UniProt (タンパク質情報) へのリンク |
| GNP |
Genome Network Platform Viewerへのリンク |
| Struct. PDB | Protein Data Bank Japanへのリンク |
| Struct. P3K | タンパク質3000構造ギャラリーへのリンクの成果表示 |
| Struct. TPRP | TPRP (Targeted Proteins Research Program；TP構造ギャラリー) へのリンク |
| PPI GNP | GNPにおけるタンパク質相互作用 (PPI) のWebページへのリンク |
| PCI | PCI (タンパク質化合物相互作用データベース) へのリンク |
| TP Article | PubMed (文献情報) へのリンク |
| Press Release | TPプレスリリースへのリンク |
2.4 Network File
| データ名 | Network File |
| データ内容の説明 | ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出したものです。課題1つにつき、1つのCSML形式ファイルがあります。 |
| データファイル | tp_atlas_csml.zip (2.02 MB) |
CSML形式ファイルについて
- CSML(Cell System Markup Language)については、CSMLの Webサイトをご参照ください。
- CSML ファイルは、 Cell Illustrator Online Player でグラフィカルに閲覧することができます。 また Cell Illustrator Online で グラフィカルに編集・シミュレーションすることができます。 これらのソフトウェアについては、 Cell Illustrator Web サイト または、 Cell Illustrator Online Web サイト をご参照ください。
記号について (各課題のLegendより転載)
