収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS- PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築した
データ名 | README |
データ内容 | 「TMPDB」のダウンロードデータについて説明したHTMLファイル。 |
ダウンロードファイル名 | README.html(日本語) |
データ名 | 膜貫通トポロジーモデル |
データ内容の説明 | 実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。 文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。 |
データファイル | tmpdb.zip (199KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
UniProt ID | UniProt ID |
UniProt AC | UniProt AC |
Date of creation and last modification | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
Description | タンパク質の名称・説明 |
Gene name | 遺伝子名 |
Species | 生物種 |
Encoded on | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
Organism classification | 生物の分類 |
Localization | 細胞内局在部位 |
Entry and article number | 参考文献の番号 |
Pubmed ID (Reference) | 参考文献のPubMed ID |
Author (Reference) | 参考文献の著書名 |
Title (Reference) | 参考文献のタイトル |
Journal (Reference) | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
Cross-reference | 参考データベースのエントリー |
Experimental method | トポロジー決定に用いた実験手法 |
Structural type | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
# of TM segments | 膜貫通セグメントの数 |
Topology | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
Feature table data | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
Sequence | アミノ酸配列 |
nr-dataset | Non-redundantセットに含まれるエントリーには*を付与している。 |
データ名 | 各種トポロジー予測法の性能検証結果 |
データ内容の説明 | 膜貫通トポロジーモデルのα構造, Non-redundantセット231件を用いて、各種膜貫通部位予測法の性能を検証した。これらの結果を組み合わせた予測手法Conpred Ⅱの結果をConsensus項目に示している。検証の対象とした予測法は、KKD, Tmpred, TopPred II, DAS, TMAP, MEMSAT 2, SOSUI, PRED-TMR2, TMHMM 2.0, HMMTOP 2.0の10種類。 |
データファイル | tmpdb_pr.zip (216KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
UniProt ID | UniProt ID |
UniProt AC | UniProt AC |
Date of creation and last modification | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
Description | タンパク質の名称・説明 |
Gene name | 遺伝子名 |
Species | 生物種 |
Encoded on | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
Organism classification | 生物の分類 |
Localization | 細胞内局在部位 |
Entry and article number | 参考文献の番号 |
Pubmed ID (Reference) | 参考文献のPubMed ID |
Author (Reference) | 参考文献の著書名 |
Title (Reference) | 参考文献のタイトル |
Journal (Reference) | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
Cross-reference | 参考データベースのエントリー |
Experimental method | トポロジー決定に用いた実験手法 |
Structural type | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
# of TM segments (NS) | 膜貫通セグメントの数 |
Topology (TP) | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
Feature table data (FT) | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
NS, FT by KKD | KKDによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by Tmpred | Tmpredによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by TopPred II | TopPred IIによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, FT by DAS | DASによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by TMAP | TMAPによる予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by MEMSAT 2 | MEMSAT 2による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, FT by SOSUI | SOSUIによる予測結果 (項目 NS, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by PRED-TMR2 | PRED-TMR2による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by TMHMM 2.0 | TMHMM 2.0による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT by HMMTOP 2.0 | HMMTOP 2.0による予測結果 (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
NS, TP, FT Consensus | ConpredⅡによるコンセンサス (項目 NS, TP, FTのTRANSEM) |
Sequence | アミノ酸配列 |
データ名 | 貫通トポロジーモデル |
データ内容の説明 | 実験結果に基づいた302件の膜貫通トポロジーモデルの情報。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。 SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
データファイル | TMPDB.dat.gz (203KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | UniProt ID |
AC | UniProt AC |
NO | 参考文献の番号 |
DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
DE | タンパク質の名称・説明 |
GN | 遺伝子名 |
OS | 生物種 |
OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
OC | 生物の分類 |
ME | 細胞内局在部位 |
RN | 参考文献の通し番号 |
RX | 参考文献のPubMed ID |
RA | 参考文献の著書名 |
RT | 参考文献のタイトル |
RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
DR | 参考データベースのエントリー |
EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
NS | 膜貫通セグメントの数 |
TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
SQ | アミノ酸配列 |
// | エントリーの末尾 |
データ名 | 膜貫通トポロジーモデル (α構造、Non-redundant) |
データ内容の説明 | 実験結果に基づいた膜貫通トポロジーモデルのα構造、Non-redundantセット (231件)。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
データファイル | TMPDB_alpha_non-redundant.dat.gz (158KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | UniProt ID |
AC | UniProt AC |
NO | 参考文献の番号 |
DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
DE | タンパク質の名称・説明 |
GN | 遺伝子名 |
OS | 生物種 |
OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
OC | 生物の分類 |
ME | 細胞内局在部位 |
RN | 参考文献の通し番号 |
RX | 参考文献のPubMed ID |
RA | 参考文献の著書名 |
RT | 参考文献のタイトル |
RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
DR | 参考データベースのエントリー |
EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
NS | 膜貫通セグメントの数 |
TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
SQ | アミノ酸配列 |
// | エントリーの末尾 |
データ名 | 膜貫通トポロジーモデル (β構造、Non-redundant) |
データ内容の説明 | 実験結果に基づいた膜貫通トポロジーモデルのβ構造、Non-redundantセット (15件)。文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
データファイル | TMPDB_beta_non-redundant.dat.gz (13KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | UniProt ID |
AC | UniProt AC |
NO | 参考文献の番号 |
DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
DE | タンパク質の名称・説明 |
GN | 遺伝子名 |
OS | 生物種 |
OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
OC | 生物の分類 |
ME | 細胞内局在部位 |
RN | 参考文献の通し番号 |
RX | 参考文献のPubMed ID |
RA | 参考文献の著書名 |
RT | 参考文献のタイトル |
RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
DR | 参考データベースのエントリー |
EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
NS | 膜貫通セグメントの数 |
TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
SQ | アミノ酸配列 |
// | エントリーの末尾 |
データ名 | 膜貫通トポロジーモデル (α-buried構造、Non-redundant) |
データ内容の説明 | 実験結果に基づいた膜貫通トポロジーモデルのα-buried構造、Non-redundantセット (7件)。α-buried構造とは、膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む場合を示す (例:aquaporin 1)。 文献および関連データベースのエントリー情報を総合的に参照して一型のモデルとして提示している。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
データファイル | T TMPDB_alpha-buried_nr.dat.gz (7KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | UniProt ID |
AC | UniProt AC |
NO | 参考文献の番号 |
DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
DE | タンパク質の名称・説明 |
GN | 遺伝子名 |
OS | 生物種 |
OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
OC | 生物の分類 |
ME | 細胞内局在部位 |
RN | 参考文献の通し番号 |
RX | 参考文献のPubMed ID |
RA | 参考文献の著書名 |
RT | 参考文献のタイトル |
RL | 参考文献の雑誌名、出版年、巻号、頁 |
DR | 参考データベースのエントリー |
EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
NS | 膜貫通セグメントの数 |
TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
SQ | アミノ酸配列 |
// | エントリーの末尾 |
データ名 | 各種トポロジー予測法の性能検証結果 |
データ内容の説明 | 膜貫通トポロジーモデルのα構造, Non-redundantセット231件を用いて、各種膜貫通部位予測法の性能を検証した。これらの結果を組み合わせた予測手法Conpred Ⅱの結果をConsensus項目に示している。検証の対象とした予測法は、KKD, Tmpred, TopPred II, DAS, TMAP, MEMSAT 2, SOSUI, PRED-TMR2, TMHMM 2.0, HMMTOP 2.0の10種類。SWISS-PROT形式ファイル。リリース6.3。 |
データファイル | TMPDB_alpha_nr_PR.dat.gz (220KB) |
項目名 | 項目の説明 |
---|---|
ID | UniProt ID |
AC | UniProt AC |
NO | 参考文献の番号 |
DT | TMPDBエントリーの作成日と最終更新日 |
DE | タンパク質の名称・説明 |
GN | 遺伝子名 |
OS | 生物種 |
OG | 遺伝子がコードされているオルガネラ |
OC | 生物種分類 |
ME | 細胞内局在部位 |
RN | 参考文献の通し番号 |
RX | 参考文献のPubMed ID |
RA | 参考文献の著書名 |
RT | 参考文献のタイトル |
RL | 参考文献のジャーナル名 |
DR | 参考にした各データベースのエントリー |
EM | トポロジー決定に用いた実験手法 |
SS | 構造の型。α、β、α-buried (膜に埋もれているが短くて貫通していないαへリックスを含む。例:aquaporin 1) の3つに分類。 |
NS | 膜貫通セグメントの数 |
TP | トポロジー (N, C末端の膜に対する向き) |
FT | TRANSMEM・・・ 膜貫通セグメントの判定結果 SIGNAL, DOMAINなどその他・・・ シグナル配列やドメインなどの配列情報 CONFLICT・・・ データベース間でのアミノ酸配列の相違 |
PM | 予測法の名称 |
SS | アミノ酸配列 |
// | エントリーの末尾 |
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更新日 | 更新内容 |
2010/08/10 | 生命科学系データベースアーカイブにてダウンロードデータ公開開始 |
2003/11 | データの更新(Release 6.3) |
〒036-8561 弘前市文京町3番地
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